EST-SSR-based Analyses on Genetic Diversity and Population Structure of 64 Tea Varieties
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摘要: 为实现茶树亲本材料的系统分类，利用20对SSR对64个来自福建、浙江、广东的茶树品种进行遗传多样性与群体结构分析。结果表明：20对SSR引物共扩增147个多态位点，每对引物为3~15个，平均7.35个；引物多态性信息含量（PIC）在0.267-0.851，平均值为0.588。期望杂合度大小0.247~0.838，平均为0.559；观测杂合度在0.308~0.870，平均值为0.636；群体Shannon指数为1.271。群体结构分析表明，当K值等于4时，ΔK取得最大值，64份材料可以划分为4个亚群。其中60份（93.8%）供试材料的Q值大于或等于0.5，分属于4个亚群。4份材料（6.2%）划分为混合亚群。Abstract: To establish a systematic classification for the tea varieties in Fujian, Zhejiang and Guangdong, 20 pairs of SSR primers were selected in analyzing the genetic diversity and population structure of 64 tea cultivars commonly found in the regions. A total of 147 polymorphic loci were amplified with an average of 7.35 alleles per primer (ranging 3-15) and an average polymorphism information contentof 0.588 (ranged 0.267-0.851). The expected heterozygosity varied from 0.247 to 0.838 averaging 0.559; while, the observed heterozygosity, from 0.308 to 0.870 averaging 0.636. The Shannon index of the 64 teas was 1.271. The maximum ad hoc quantity, ΔK, was observed when K=4 in the population structure analysis, indicating that the entire collection could be divided into four subpopulations. Using a membership probability threshold of ≥ 0.50, 60 genotypes (accounting for 93.8% of the tested genotypes) were assigned to the four subpopulations, and 4(accounting for 6.2% of the tested breeding parents) retained in the admixed group.
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Keywords:
- tea plant /
- EST-SSR /
- genetic diversity /
- population structure
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分子标记SSR方法具有共显性、多态性高、重复性好等特点，在植物的亲缘关系、遗传多样性、关联分析等中广泛应用[1-3]。其中，选择有代表性的材料进行遗传多样性与群体结构的解析是育种杂交亲本选择、资源遗传组成、等位基因发掘、复杂性状关联分析的前期重要基础[4-6]。近些年，利用Structure模拟进行群体结构分析越来越受到研究关注，主要用来探索种质资源的类群属性，分析育种亲本的遗传组成，降低复杂群体结构对关联分析假阳性的影响，发掘优异等位基因。刘志斋等[7]认为中国玉米自交系具有相对独立的优势类群，基因多样性丰富。刘文等[8]将91份大白菜与白菜群体分成6个类群，6个类群与材料的来源地、抗热性和品种类型等有明显的对应关系，表现出类群属性。强新涛等[9]将87份籼稻品种分成3个类群，类群内品种遗传背景比较相似，类群间品种遗传背景差异明显，可为水稻淀粉品质的遗传改良提供依据。王晋等[10]对不同来源的99份大麦亲本材料进行群体遗传结构分析，矫正99份亲本材料所存在的群体结构，避免人为因素对类群划分的影响。杜凤凤等[11]对42个荷花品种进行群体结构分析，将分为42个荷花品种分为中国莲和美洲黄莲两组，而中美杂交莲并没有独立成组有，9个荷花品种属于混合群体。选择代表性材料进行茶树群体结构分析相对较少，仅有浙江茶树品种资源[12]、112份茶树品种[13]、90份四川和重庆地方茶树品种资源[14]、68份绿茶与乌龙茶品种群体结构分析[15]，较少讨论参试材料的类群属性。因此，本研究利用SSR分子标记技术对福建省茶树品种(系)与浙江、广东引进的品种资源进行Struture模拟群体结构分析，讨论参试材料中群体结构与类群属性，从而为种质资源优异亲本选配与杂交创新提供参考，同时为茶树遗传组成、关联分析研究提供参考。
1. 材料与方法
1.1 参试材料
参试材料取样于福建省农业科学院茶叶研究所试验基地内，福建省主要审(鉴)定品种(系)、浙江省审(鉴)定品种、广东省审(鉴)定品种共64个。取参试材料春茶1芽2叶鲜叶，-70℃保存，试验材料见表 1，相关信息主要来源于《中国茶树品种志》[16]。
表 1 64份供试茶树品种(系)Table 1. 64 tea varieties (strains) used for study品(系)种名称 来源 萌芽期 主要适制茶类 白芽奇兰 福建 晚生种 乌龙茶 春闺 福建 晚生种 乌龙茶 大红袍 福建 晚生种 乌龙茶 凤圆春 福建 晚生种 乌龙茶 福建水仙 福建 晚生种 乌龙茶 铁观音 福建 晚生种 乌龙茶 杏仁茶 福建 晚生种 乌龙茶 八仙茶 福建 特早生种 乌龙茶 朝阳 福建 早生种 乌龙茶 春兰 福建 早生种 乌龙茶 黄观音 福建 早生种 乌龙茶 黄玫瑰 福建 早生种 乌龙茶 黄奇 福建 早生种 乌龙茶 黄棪 福建 早生种 乌龙茶 金观音 福建 早生种 乌龙茶 金牡丹 福建 早生种 乌龙茶 矮脚乌龙 福建 中生种 乌龙茶 大叶乌龙 福建 中生种 乌龙茶 红芽佛手 福建 中生种 乌龙茶 九龙袍 福建 晚生种 乌龙茶 绿芽佛手 福建 中生种 乌龙茶 毛蟹 福建 中生种 乌龙茶 梅占 福建 中生种 乌龙茶 瑞香 福建 晚生种 乌龙茶 悦茗香 福建 中生种 乌龙茶 紫玫瑰 福建 中生种 乌龙茶 紫牡丹 福建 中生种 乌龙茶 丹桂 福建 早生种 乌龙茶 肉桂 福建 晚生种 乌龙茶 白鸡冠 福建 晚生种 乌龙茶 福鼎大白茶 福建 早生种 绿茶 福鼎大毫茶 福建 早生种 绿茶 福云10号 福建 早生种 绿茶 福云20号 福建 中生种 绿茶 福云595 福建 早生种 绿茶 福云6号 福建 特早生种 绿茶 福云7号 福建 早生种 绿茶 歌乐茶 福建 早生种 绿茶 九龙大白茶 福建 早生种 绿茶 榕春早 福建 早生种 绿茶 霞浦春波绿 福建 特早生种 绿茶 霞浦元宵茶 福建 特早生种 绿茶 早春毫 福建 特早生种 绿茶 政和大白茶 福建 晚生种 绿茶 白毛2号 广东 早生种 乌龙茶 凤凰单枞 广东 早生至晚生种 乌龙茶 金萱 台湾 中生种偏早 乌龙茶 四季春 台湾 早生种 乌龙茶 安吉白茶 浙江 中生种 绿茶 丽早香 浙江 早生种 绿茶 龙井43 浙江 特早生种 绿茶 平阳特早茶 浙江 特早生种 绿茶 千年雪 浙江 中生种 绿茶 乌牛早 浙江 特早生种 绿茶 中茶108 浙江 特早生种 绿茶 迎霜 浙江 早生种 绿茶 湘妃翠 湖南 早生种 绿茶 FJ-1 福建 中生种 乌龙茶 FJ-2 福建 早生种 乌龙茶 FJ-3 福建 早生种 乌龙茶 FJ-4 福建 中生种 乌龙茶 FJ-5 福建 早生种 绿茶 FJ-6 福建 早生种 绿茶 FJ-7 福建 早生种 绿茶 注：表中FJ-1~FJ-4为铁观音后代，FJ-5、FJ-6为福云6号后代，FJ-7为福云7号后代。 1.2 试验方法
1.2.1 参试材料DNA提取与检验
选择参试材料春茶1芽2叶嫩叶，参考金基强等[17]的CTAB法提取DNA，采用紫外分光光度计检验参试材料DNA的纯度，并用1%琼脂糖凝胶电泳检测参试材料DNA质量(OD260/280比值)，经纯化与浓度检测后，调整试验DNA模板质量浓度为50 ng·μL-1，保存于4℃备用，原液放入-20℃冰箱长期保存。
1.2.2 茶树SSR引物合成与PCR产物扩增
参照Ma Jian-qiang等[18]的方法，从100对引物中筛选出20对鉴定性强的SSR引物用于本试验，引物序列见表 2。所有SSR引物都在5′段标记加荧光FAM或者TAMRA，交由上海百力格生物科技有限公司合成。PCR反应体系与扩增程序参照杨军等[19]的方法。
表 2 20对SSR引物及其序列Table 2. Nucleotide sequences of 20 primer pairs名称 重复位点 引物序列 退火温度/℃ 目的片段大小/bp TM241 (GAGAA)3 ATCGGCGACGGTGGAAGT 58 130 GCCAGCGGAGAGGAGAAG TM262 (CT)21 CGACCAGACGGTGAAAT 56 164 AGGCTTGTGAGCAAAATC TM341 (TA)10 CATGCTCCCATCCCACCT 58 111 ATGCTGCTCATTCAAACCAACT TM369 (GAA)8 CGGAGCTGGAATCTGAAGAG 52 196 GGAAGGGTTGCAAATTCTGA TM407 (CAAGAT)3 AACAACAGCAGCGAAGATGA 52 251 CCACCACTGATGACCCTTTT TM422 (TTC)7 GGACTTCGTTGCTTCCTTTG 52 167 CCATTCTCGACGAATCCAGT TM426 (AGA)11 TGAGAGTGCTTGTCTGGGTG 52 245 CAACTACCCCTTTTCCCCAT TM428 (CAC)7 TCTCCTCCTCGATCCTCAGA 52 195 CCCTCTTCTTCGGATCCTTC TM440 (TTTGC)3 TTGACCCGAATAAAATGGGA 52 159 CCTCAAAACATGCTTTTCTTAATC TM442 (ATACAC)3 CAAGCCAAACCTTGCTGAAT 52 275 CTGTCCTGTGTCTGGTGGTG TM447 (AAAAG)5 TGTTGTTAACGGTGTTCGGA 54 156 GCATTTGTTTTCTCTCTCTGCC TM453 (TTC)6 AAGTCACAACACCACCACCA 52 268 GAGGCAGCGATAGTACCAGG TM461 (ATTTTT)6 GGCTAGGGTTTCTCCCACTT 52 211 GAAGGTCGAAGCGATGTTGT TM480 (GTA)5 CGAAGAGTCGTTTCGAGGAG 52 208 CATCCCTTGTCTTCTCCCCT TM499 (AGA)5 AACTGTGACACCGATTGCAG 54 255 AAGTTTCACTTGCCAGCACC TM513 (AG)10 CAAGCGATCAACAACAATGG 54 265 TTGAGAAATCAACCCCTTGG TM514 (TCA)5 ATGTCTGGCCGTGGATTAAG 52 257 ATGGCAGGCTGTTCTGATTT TM569 (GTGA)5 GCAAATTCGTAAGGCGAGAG 52 274 CTGACGTTTACCCTCGTTCC TM589 (CTCCT)3 CACCACTGCCCAACAAACT 52 211 GAGGATGATGATTCGGGAGA TM601 (GGA)5 TTGCACTGGAGTGCGATAAG 52 276 CATCGCCACCAAACTCTTCT 1.3 数据整理
使用ABI公司提供的GeneMapper 4.0软件，记录扩增结果大小，采用Struture 2.3.4[20]软件进行参试材料群体结构分析，K值设置从2~10，重复6次，Burnin次数为50 000，MCMC设为100 000次，从而确定△K与Q值，并CLUMPP对多次运行结果进行整合。使用PopGen软件计算观测杂合度、期望杂合度、Shannon信息指数、基因多样性指数[21]，应用PIC_CALC引物的PIC值。采用SAS进行单因素方差分析。
2. 结果与分析
2.1 参试SSR引物的多态性
20对SSR共在64个茶树品种(系)中共扩增147个多态性位点，平均值为7.35个，TM422、TM262引物扩增最多为15个；参试引物平均PIC值为0.588，引物多态性高。参试引物观测、期望杂合度的平均值数值接近，说明参试引物扩增的多态性位点在64个茶树品种(系)中分布较均匀(表 3)。
表 3 20对引物的扩增结果Table 3. Amplified 20 primers引物名称 等位变异数 多态信息含量PIC 期望杂合度 观察杂合度 TM241 5 0.651 0.708 0.581 TM262 15 0.83 0.854 0.459 TM341 10 0.750 0.784 0.611 TM369 10 0.684 0.727 0.649 TM407 10 0.494 0.511 0.521 TM422 15 0.851 0.870 0.838 TM426 7 0.752 0.791 0.534 TM428 7 0.718 0.757 0.736 TM440 7 0.618 0.681 0.838 TM442 5 0.546 0.612 0.419 TM447 6 0.520 0.588 0.274 TM453 9 0.543 0.595 0.507 TM461 5 0.682 0.737 0.822 TM480 5 0.473 0.519 0.441 TM499 3 0.347 0.398 0.457 TM513 11 0.569 0.619 0.671 TM514 4 0.267 0.308 0.247 TM569 6 0.591 0.664 0.634 TM589 3 0.558 0.639 0.568 TM601 4 0.319 0.358 0.375 平均值 7.35 0.588 0.636 0.559 2.2 群体遗传结构分析
采用Struture 2.3.4软件对64个茶树品种(系)进行系统解析。从图 1、2中看出，当K=4时，△K值为最大值，64个茶树品种(系)分为4个类群(表 4)。参考刘志斋等[7]以类群属性比率50%为标准的划分依据，60个茶树品种(系)分为S1、S2、S3、S4类群，4个品种没有明确的类群属性，形成混合群S5。S1类群从品种来源看出分别是浙江、福建、广东品种的混合群，推测S1类群遗传组成较为复杂；S2类群主要为福建乌龙茶种质资源及其杂交后代选育品种，S3类群主要为福鼎大白茶与云南大叶种杂交后代群，亲本遗传类群特征明显，S4类群主要为浙江、福建早生绿茶品种，早生类群特征明显。
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图 2 假设K=4时群体按照所估计的成分(Q)值的结构分析结果Figure 2. Population structures based on estimated component when K=4表 4 64个茶树品种的群体结构结果Table 4. Population structures of 64 tea varieties类群名称 样本大小 所占比例/% 参试材料 S1类群 11 17.2 龙井43、霞浦春波绿、福建水仙、八仙茶、凤凰单枞、白毛2号、金萱、安吉白茶、大红袍、政和大白茶、朝阳 S2类群 25 39.1 九龙袍、铁观音、凤圆春、悦茗香、黄观音、绿芽佛手、红芽佛手、梅占、瑞香、春兰、大叶乌龙、黄玫瑰、白芽奇兰、春闺、黄奇、四季春、黄棪、金牡丹、矮脚乌龙、紫玫瑰、金观音、杏仁茶、FJ-1、FJ-2、FJ-3 S3类群 13 20.3 福云6号、福云10号、福云7号、福云20号、福鼎大白茶、福云595、迎霜、福鼎大毫茶、九龙大白茶、早春毫、FJ-5、FJ-6、FJ-7 S4类群 11 17.2 榕春早、丽早香、霞浦元宵茶、乌牛早、平阳特早、千年雪、中茶108、湘妃翠、丹桂、白鸡冠、肉桂 S5混合类群 4 6.2 毛蟹、歌乐茶、紫牡丹、FJ-4 2.3 5个群体遗传多样性
S1类群的基因多样性指数与Shannon信息指数都为最高，且Shannon信息指数与其他群体达到显著性差异，说明来源于浙江、福建、广东品种的混合类群遗传多样性最为丰富。S2类群参试品种最多，基因多样性指数与Shannon信息指数平均值低于其他群体，推测S2类群遗传基础相对狭窄，主要来源为福建乌龙茶品种(表 5)。
表 5 5个群体遗传多样性Table 5. Genetic diversity among 5 groups组号 样本数 观测杂合度 期望杂合度 Shannon信息指数 基因多样性指数 S1类群 11 0.545 0.642 1.214a 0.613 S2类群 25 0.517 0.559 0.989b 0.547 S3类群 13 0.563 0.588 1.049ab 0.565 S4类群 11 0.506 0.597 1.069ab 0.567 S5混合类群 4 0.570 0.606 0.972b 0.545 所有材料 64 0.538 0.633 1.270 0.628 注：表中小写字母不同表示差异显著(P＜0.05)。 从表 6、图 3中可以看出，S1群体与S4群体相似系数相对最近，亲缘关系相对最近，S1与S4群体主要以福建、浙江绿茶品种资源为主；群体S2与S5相似系数相对较近，亲缘关系较近，都为福建省乌龙茶种质资源。群体S3主要为福鼎大白茶与及云南大叶种杂交后代，推测主要受云南资源遗传组成影响，与福建茶树种质资源亲缘关系相对较远。S1与S4之间的基因流最大，说明福建与浙江绿茶存在频繁的基因交流。
表 6 群体间相似系数(对角线上方)与基因流(对角线下方)Table 6. Genetic identity(above diagonal line) and gene flow(below diagonal line) between groups群体 S1 S2 S3 S4 S1 0.855 0.823 0.915 S2 4.157 0.740 0.831 S3 3.521 2.32 0.766 S4 6.098 3.350 2.559 3. 讨论
3.1 参试材料遗传多样性与亲缘关系
近些年，茶树上利用分子标记对种质资源遗传多样性的相关研究相继开展，其中云南千家寨野生茶树资源[22]、云南野生茶树资源[23]、湖南黄金茶群体[24]、湖南江华苦茶群体[25]、广西茶树地方品种[26]的Shannon信息指数分别为1.33、0.88、0.55、0.558、0.82。本试验参试材料的shannon信息指数1.270 6，说明本试验的参试材料遗传多样性较高。从聚类分析来看，S1、S4群体聚为一类，以浙江、福建为主，初步说明福建与浙江绿茶种质资源基因交流较强，推测可能浙江主要以绿茶为主，参试材料中广东的乌龙茶种质资源较少，因此，基因交流主要体现在福建、浙江绿茶种质资源的交流。
3.2 参试材料的群体结构
何智宏等[27]认为种质资源的群体结构分析能体现单个样本趋向各群体的比例，更能全面了解资源整体遗传信息。本试验利用Struture软件将福建省主要审(认)定茶树品种分为5个类群，S1类群为浙江、广东、福建有交流的类型群，说明福建省茶树种质资源与外省存在基因交流；S2类群主要为福建乌龙茶资源类型群，福建乌龙茶品种香有的与兰花香、桂花香相似，有的与蜜桃香、桂皮香相似，还有雪梨香、香橼香、桃仁吞、杏仁香、玉兰花香、栀子花香、茉莉花香、玫瑰花香、牡丹花香等，说明乌龙茶品种资源的丰富性和多样性[28]。然而，参试材料中的福建省乌龙茶种质资源没有分成不同的类型，推测可能是引物数量不足、与乌龙茶品质不相关，同时选取的乌龙茶资源数量较少等原因；S3类群主要为福鼎大白茶与云南大叶种的杂交后代，为云南茶树资源与福建绿茶茶树杂交的混合群，体现云南茶树种质资源的遗传基础；S4类群为浙江、福建绿茶早生类型，推测此次选择的部分引物可能与绿茶早生基因相关，从S3与S4种群分类来看，主要同为绿茶早生种质资源，但影响的遗传组成不同，推测选择2个群体中早生资源进行人工杂交会获得更好、优异早生茶树种质资源；S5为福建省乌龙茶资源混合群。马淑梅等[29]认为具有混合来源的5份材料是比较有多样性、代表性的材料，可作为优异的亲本杂交材料，扩宽群体遗传基础，可在大豆遗传改良中适当地应用。因此，S5混合群中的材料可能是优异的亲本杂交材料。总体来说，群体结构分析结果显示参试材料的群体结构相对简单，遗传多样性相对丰富，可适合增加部分材料进行目标性状的关联分析。
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图 2 假设K=4时群体按照所估计的成分(Q)值的结构分析结果
Figure 2. Population structures based on estimated component when K=4
表 1 64份供试茶树品种(系)
Table 1 64 tea varieties (strains) used for study
品(系)种名称 来源 萌芽期 主要适制茶类 白芽奇兰 福建 晚生种 乌龙茶 春闺 福建 晚生种 乌龙茶 大红袍 福建 晚生种 乌龙茶 凤圆春 福建 晚生种 乌龙茶 福建水仙 福建 晚生种 乌龙茶 铁观音 福建 晚生种 乌龙茶 杏仁茶 福建 晚生种 乌龙茶 八仙茶 福建 特早生种 乌龙茶 朝阳 福建 早生种 乌龙茶 春兰 福建 早生种 乌龙茶 黄观音 福建 早生种 乌龙茶 黄玫瑰 福建 早生种 乌龙茶 黄奇 福建 早生种 乌龙茶 黄棪 福建 早生种 乌龙茶 金观音 福建 早生种 乌龙茶 金牡丹 福建 早生种 乌龙茶 矮脚乌龙 福建 中生种 乌龙茶 大叶乌龙 福建 中生种 乌龙茶 红芽佛手 福建 中生种 乌龙茶 九龙袍 福建 晚生种 乌龙茶 绿芽佛手 福建 中生种 乌龙茶 毛蟹 福建 中生种 乌龙茶 梅占 福建 中生种 乌龙茶 瑞香 福建 晚生种 乌龙茶 悦茗香 福建 中生种 乌龙茶 紫玫瑰 福建 中生种 乌龙茶 紫牡丹 福建 中生种 乌龙茶 丹桂 福建 早生种 乌龙茶 肉桂 福建 晚生种 乌龙茶 白鸡冠 福建 晚生种 乌龙茶 福鼎大白茶 福建 早生种 绿茶 福鼎大毫茶 福建 早生种 绿茶 福云10号 福建 早生种 绿茶 福云20号 福建 中生种 绿茶 福云595 福建 早生种 绿茶 福云6号 福建 特早生种 绿茶 福云7号 福建 早生种 绿茶 歌乐茶 福建 早生种 绿茶 九龙大白茶 福建 早生种 绿茶 榕春早 福建 早生种 绿茶 霞浦春波绿 福建 特早生种 绿茶 霞浦元宵茶 福建 特早生种 绿茶 早春毫 福建 特早生种 绿茶 政和大白茶 福建 晚生种 绿茶 白毛2号 广东 早生种 乌龙茶 凤凰单枞 广东 早生至晚生种 乌龙茶 金萱 台湾 中生种偏早 乌龙茶 四季春 台湾 早生种 乌龙茶 安吉白茶 浙江 中生种 绿茶 丽早香 浙江 早生种 绿茶 龙井43 浙江 特早生种 绿茶 平阳特早茶 浙江 特早生种 绿茶 千年雪 浙江 中生种 绿茶 乌牛早 浙江 特早生种 绿茶 中茶108 浙江 特早生种 绿茶 迎霜 浙江 早生种 绿茶 湘妃翠 湖南 早生种 绿茶 FJ-1 福建 中生种 乌龙茶 FJ-2 福建 早生种 乌龙茶 FJ-3 福建 早生种 乌龙茶 FJ-4 福建 中生种 乌龙茶 FJ-5 福建 早生种 绿茶 FJ-6 福建 早生种 绿茶 FJ-7 福建 早生种 绿茶 注：表中FJ-1~FJ-4为铁观音后代，FJ-5、FJ-6为福云6号后代，FJ-7为福云7号后代。 
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表 2 20对SSR引物及其序列
Table 2 Nucleotide sequences of 20 primer pairs
名称 重复位点 引物序列 退火温度/℃ 目的片段大小/bp TM241 (GAGAA)3 ATCGGCGACGGTGGAAGT 58 130 GCCAGCGGAGAGGAGAAG TM262 (CT)21 CGACCAGACGGTGAAAT 56 164 AGGCTTGTGAGCAAAATC TM341 (TA)10 CATGCTCCCATCCCACCT 58 111 ATGCTGCTCATTCAAACCAACT TM369 (GAA)8 CGGAGCTGGAATCTGAAGAG 52 196 GGAAGGGTTGCAAATTCTGA TM407 (CAAGAT)3 AACAACAGCAGCGAAGATGA 52 251 CCACCACTGATGACCCTTTT TM422 (TTC)7 GGACTTCGTTGCTTCCTTTG 52 167 CCATTCTCGACGAATCCAGT TM426 (AGA)11 TGAGAGTGCTTGTCTGGGTG 52 245 CAACTACCCCTTTTCCCCAT TM428 (CAC)7 TCTCCTCCTCGATCCTCAGA 52 195 CCCTCTTCTTCGGATCCTTC TM440 (TTTGC)3 TTGACCCGAATAAAATGGGA 52 159 CCTCAAAACATGCTTTTCTTAATC TM442 (ATACAC)3 CAAGCCAAACCTTGCTGAAT 52 275 CTGTCCTGTGTCTGGTGGTG TM447 (AAAAG)5 TGTTGTTAACGGTGTTCGGA 54 156 GCATTTGTTTTCTCTCTCTGCC TM453 (TTC)6 AAGTCACAACACCACCACCA 52 268 GAGGCAGCGATAGTACCAGG TM461 (ATTTTT)6 GGCTAGGGTTTCTCCCACTT 52 211 GAAGGTCGAAGCGATGTTGT TM480 (GTA)5 CGAAGAGTCGTTTCGAGGAG 52 208 CATCCCTTGTCTTCTCCCCT TM499 (AGA)5 AACTGTGACACCGATTGCAG 54 255 AAGTTTCACTTGCCAGCACC TM513 (AG)10 CAAGCGATCAACAACAATGG 54 265 TTGAGAAATCAACCCCTTGG TM514 (TCA)5 ATGTCTGGCCGTGGATTAAG 52 257 ATGGCAGGCTGTTCTGATTT TM569 (GTGA)5 GCAAATTCGTAAGGCGAGAG 52 274 CTGACGTTTACCCTCGTTCC TM589 (CTCCT)3 CACCACTGCCCAACAAACT 52 211 GAGGATGATGATTCGGGAGA TM601 (GGA)5 TTGCACTGGAGTGCGATAAG 52 276 CATCGCCACCAAACTCTTCT
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表 3 20对引物的扩增结果
Table 3 Amplified 20 primers
引物名称 等位变异数 多态信息含量PIC 期望杂合度 观察杂合度 TM241 5 0.651 0.708 0.581 TM262 15 0.83 0.854 0.459 TM341 10 0.750 0.784 0.611 TM369 10 0.684 0.727 0.649 TM407 10 0.494 0.511 0.521 TM422 15 0.851 0.870 0.838 TM426 7 0.752 0.791 0.534 TM428 7 0.718 0.757 0.736 TM440 7 0.618 0.681 0.838 TM442 5 0.546 0.612 0.419 TM447 6 0.520 0.588 0.274 TM453 9 0.543 0.595 0.507 TM461 5 0.682 0.737 0.822 TM480 5 0.473 0.519 0.441 TM499 3 0.347 0.398 0.457 TM513 11 0.569 0.619 0.671 TM514 4 0.267 0.308 0.247 TM569 6 0.591 0.664 0.634 TM589 3 0.558 0.639 0.568 TM601 4 0.319 0.358 0.375 平均值 7.35 0.588 0.636 0.559
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表 4 64个茶树品种的群体结构结果
Table 4 Population structures of 64 tea varieties
类群名称 样本大小 所占比例/% 参试材料 S1类群 11 17.2 龙井43、霞浦春波绿、福建水仙、八仙茶、凤凰单枞、白毛2号、金萱、安吉白茶、大红袍、政和大白茶、朝阳 S2类群 25 39.1 九龙袍、铁观音、凤圆春、悦茗香、黄观音、绿芽佛手、红芽佛手、梅占、瑞香、春兰、大叶乌龙、黄玫瑰、白芽奇兰、春闺、黄奇、四季春、黄棪、金牡丹、矮脚乌龙、紫玫瑰、金观音、杏仁茶、FJ-1、FJ-2、FJ-3 S3类群 13 20.3 福云6号、福云10号、福云7号、福云20号、福鼎大白茶、福云595、迎霜、福鼎大毫茶、九龙大白茶、早春毫、FJ-5、FJ-6、FJ-7 S4类群 11 17.2 榕春早、丽早香、霞浦元宵茶、乌牛早、平阳特早、千年雪、中茶108、湘妃翠、丹桂、白鸡冠、肉桂 S5混合类群 4 6.2 毛蟹、歌乐茶、紫牡丹、FJ-4
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表 5 5个群体遗传多样性
Table 5 Genetic diversity among 5 groups
组号 样本数 观测杂合度 期望杂合度 Shannon信息指数 基因多样性指数 S1类群 11 0.545 0.642 1.214a 0.613 S2类群 25 0.517 0.559 0.989b 0.547 S3类群 13 0.563 0.588 1.049ab 0.565 S4类群 11 0.506 0.597 1.069ab 0.567 S5混合类群 4 0.570 0.606 0.972b 0.545 所有材料 64 0.538 0.633 1.270 0.628 注：表中小写字母不同表示差异显著(P＜0.05)。
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表 6 群体间相似系数(对角线上方)与基因流(对角线下方)
Table 6 Genetic identity(above diagonal line) and gene flow(below diagonal line) between groups
群体 S1 S2 S3 S4 S1 0.855 0.823 0.915 S2 4.157 0.740 0.831 S3 3.521 2.32 0.766 S4 6.098 3.350 2.559
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