• 中文核心期刊
  • CSCD来源期刊
  • 中国科技核心期刊
  • CA、CABI、ZR收录期刊

杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析

林榕燕, 陈艺荃, 钟淮钦, 吴建设, 林兵

林榕燕,陈艺荃,钟淮钦,等. 杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析 [J]. 福建农业学报,2020,35(5):503−508. DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006
引用本文: 林榕燕,陈艺荃,钟淮钦,等. 杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析 [J]. 福建农业学报,2020,35(5):503−508. DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006
LIN R Y, CHEN Y Q, ZHONG H Q, et al. Transferability and Polymorphism of Cymbidium Hybrid EST-SSR Markers in Chinese Cymbidium Cultivars [J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences,2020,35(5):503−508. DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006
Citation: LIN R Y, CHEN Y Q, ZHONG H Q, et al. Transferability and Polymorphism of Cymbidium Hybrid EST-SSR Markers in Chinese Cymbidium Cultivars [J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences,2020,35(5):503−508. DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006

杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析

基金项目: 福建省科技计划公益类专项(2018R1026-3、2017R1026-8);福建省农业科学院博士基金项目(DC2018-1);福建省财政专项——福建省农业科学院科技创新团队建设项目(STIT2017-2-9);福建省农业科学院作物研究所青年开放基金项目(2017QN-1)
详细信息
    作者简介:

    林榕燕(1990−),女,助理研究员,研究方向:花卉生物技术研究(E-mail:lryyan@163.com

    通讯作者:

    钟淮钦(1979−),男,副研究员,研究方向:观赏植物种质资源评价与生物技术研究(E-mail:zhqeast@163.com

  • 中图分类号: S 68

Transferability and Polymorphism of Cymbidium Hybrid EST-SSR Markers in Chinese Cymbidium Cultivars

  • 摘要:
      目的  探索杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性,为国兰寻找新的分子标记,并利用这些新标记分析国兰的种间遗传多样性,以期为国兰的品种鉴定和种质资源的合理利用奠定基础。
      方法  以建兰、墨兰、春兰等国兰44个品种为试验材料,对240对杂交兰EST-SSR标记引物的通用性进行研究。在此基础上,通过筛选的引物对国兰的遗传多样性进行分析。
      结果  杂交兰240对EST-SSR引物在国兰中的通用性比例分别为春兰(67.92%)、建兰(66.25%)、墨兰(71.25%)。利用其中的17对引物对44份国兰品种资源进行分子系统发育研究,有10对引物表现出多态性,10对引物共扩增出52个条带,多态性条带数为3~9个,多态性信息含量分布范围为0.504~0.850。聚类分析结果表明,44个国兰品种可分为4大聚类群,分类结果与传统的植物学分类相吻合。
      结论  本研究发掘的杂交兰EST-SSR引物可以有效用于国兰的分子遗传多样性研究。
    Abstract:
      Objective  Cymbidium hybrid EST-SSR markers were studied to determine their transferability for applications on the cultivar identification and germplasm utilization of Chinese cymbidium cultivars.
      Method  Genetic diversity of 240 pairs EST-SSR primers in 44 cultivars of Cymbidium goeringii, C. ensifolium, C. sinense and others were analyzed, and their transferability among Chinese cymbidium cultivars examined.
      Result  The rates of transferability were found to be 67.92% for C. goeringii, 66.25% for C. ensifolium, and 71.25% for C. sinense. Among the markers, 17 EST-SSR primer pairs were selected to study the molecular phylogeny of the 44 cultivars. Out of them, 10 primer pairs showed polymorphisms with expanded 52 bands. The bands numbered between 3 to 9 with a range of polymorphism information content between 0.504 and 0.850. These cultivars were clustered into 4 groups, same as concluded by the conventional botanical classification.
      Conclusion  The Cymbidium hybrid EST-SSR markers selected from this study effectively showed the molecular genetic diversity of the various Chinese cymbidium cultivars.
  • 【研究意义】国兰(Chinese Cymbidium)是中国传统兰花的统称,为兰科(Orchidaceae)兰属(Cymbidium)植物,包括春兰(C. goeringii)、蕙兰(C. faberi)、建兰(C. ensifolium)、墨兰(C. sinense)、寒兰(C.kanran)等,其味幽香,花色素雅,花姿优美,观赏和经济价值极高[1]。目前,种质资源缺乏是影响中国兰产业发展的重要因素之一[2],而兰科植物杂交范围很宽,种、属间均可杂交,且存在较大变异性,中间类型多,种的界限不清晰,加大了兰科植物研究的难度[3]。因此,通过分子生物学手段,开展稳定可靠的品种鉴定技术及分类学研究是非常必要的。【前人研究进展】由于分子标记与传统应用的常规遗传标记相比具有诸多优点,目前RAPD、AFLP、ISSR、SRAP等标记在兰花遗传育种中已得到广泛应用。江亚雯等[4]采用ISSR分子标记对江西省主要山脉12个野生寒兰居群进行遗传多样性和群体遗传结构研究;王晓英等[5]采用AFLP技术对51个春兰品种进行了遗传多样性分析;胡薇等[6]利用RAPD标记分析了38个建兰品种的遗传多样性和亲缘关系。EST-SSR是近年发展起来的基于EST数据库开发的新型分子标记,在资源鉴定、遗传作图、遗传多样性、基因发掘等研究中开发潜力巨大[7],但有关EST-SSR标记在国兰中的研究报道还较少见。【本研究切入点】由于EST-SSR标记来自于相对保守的转录组数据,故在物种间有较好的通用性[8-11],杂交兰是由国兰和大花蕙兰杂交选育成的兰花新品种,从杂交兰的EST-SSR中寻找适用于国兰的分子标记引物,不仅可以减少国兰引物的合成成本,丰富分子标记数量,也提高了杂交兰EST-SSR标记的利用价值。【拟解决的关键问题】本研究以44份国兰品种为材料,从杂交兰EST-SSR引物中筛选出适用于国兰的候选引物,为国兰寻找新的分子标记,并用这些新标记分析国兰的种间遗传多样性,以期为国兰种质鉴定、遗传多样性分析、分子标记辅助育种及种质资源合理利用等提供更丰富的标记资源。

    供试材料为包括建兰、春兰、墨兰在内的44份国兰品种(表1),上述材料均取自福建省农业科学院作物研究所花卉种质资源圃,分别取其新鲜叶片,保存于−80℃条件下备用。

    表  1  国兰供试材料信息
    Table  1.  Information on Chinese cymbidium cultivars
    编号
    No.
    品种名
    Variety name
    种类
    Species
    1 锦旗 Jinqi 建兰 C. ensifolium
    2 四季玉妃 Sijiyufei 建兰 C. ensifolium
    3 四季虎斑 Sijihuban 建兰 C. ensifolium
    4 宝岛仙女 Baodaoxiannv 建兰 C. ensifolium
    5 市长红 Shizhanghong 建兰 C. ensifolium
    6 素君荷 Sujunhe 建兰 C. ensifolium
    7 新品荷 Xinpinhe 建兰 C. ensifolium
    8 红荷冠 Hongheguan 建兰 C. ensifolium
    9 花叶建兰 Huayejianlan 建兰 C. ensifolium
    10 春剑大富贵 Chunjiandafugui 春剑 C. longibractium
    11 红荷梅 Honghemei 春兰 C. goeringii
    12 红荷 Honghe 春兰 C. goeringii
    13 碧龙玉素 Bilongyusu 莲瓣兰 C. lianpan
    14 碧玉奇素 Biyuqisu 莲瓣兰 C. lianpan
    15 晃辉 Huanghui 建兰 C. ensifolium
    16 大唐盛世 Datangshengshi 春兰 C. goeringii×莲瓣兰 C. lianpan
    17 瑞梅 Ruimei 春兰 C. goeringii
    18 高山春色 Gaoshanchunse 建兰 C. ensifolium
    19 国色天香 Guosetianxiang 建兰 C. ensifolium
    20 铁骨素梅 Tiegusumei 建兰 C. ensifolium
    21 铁金刚 Tiejingang 建兰 C. ensifolium
    22 马耳 Maer 建兰 C. ensifolium
    23 红梅 Hongmei 建兰 C. ensifolium
    24 素心爪 Suxinzhua 建兰 C. ensifolium
    25 地荷 Dihe 建兰 C. ensifolium
    26 金丝马尾爪 Jinsimaweizhua 建兰 C. ensifolium
    27 金针 Jinzhen 建兰 C. ensifolium
    28 桃娇 Taojiao 建兰 C. ensifolium
    29 小桃红 Xiaotaohong 建兰 C. ensifolium
    30 萨摩锦 Samojin 建兰 C. ensifolium
    31 青山玉泉 Qingshanyuquan 建兰 c. ensifolium
    32 凤 Feng 建兰 c. ensifolium
    33 丹霞建 Danxiajian 建兰 C. ensifolium
    34 大凤素 Dafengsu 建兰 C. ensifolium
    35 达摩爪 Damozhua 墨兰 C. sinense
    36 龙梅 Longmei 墨兰 C. sinense
    37 四季达摩 Sijidamo 墨兰 C. sinense
    38 红宝石 Hongbaoshi 墨兰 C. sinense
    39 玉兰蔻 Yulankou 墨兰 C. sinense
    40 贵夫人 Guifuren 墨兰 C. sinense
    41 黄荷梅 Huanghemei 春兰 C. goeringii
    42 金边报岁兰 Jinbianbaosuilan 墨兰 C. sinense
    43 银托 Yintuo 墨兰 C. sinense
    44 企黑 Qihei 墨兰 C. sinense
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    采用改良CTAB法进行国兰叶片总DNA的提取,获得的总DNA经1%琼脂糖凝胶电泳检测其完整性,并利用分光光度计法检测其浓度,稀释至统一浓度后,将产物置于−20℃条件下保存备用。基于本课题组杂交兰转录组测序获得的EST-SSR标记引物,随机选取240对引物用于国兰PCR扩增。PCR反应体系为25 μL,包括模板DNA(100 ng·μL−1)1.0 μL,上、下游引物(10 μmol·L−1)各1.0 μL,10×Buffer(含Mg2+)2.5 μL,dNTPs(2.5 mmol·L−1)2.0 μL,Taq聚合酶(5 U·μL−1)0.25 μL,ddH2O 17.25 μL。PCR扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性30 s,48~54℃退火30 s,72℃延伸45 s,共35个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。PCR扩增产物先采用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测,舍去无条带或是效果不理想的引物,将条带清晰、有目标片段的产物利用12%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离。

    统计并记录电泳图谱中每一样品扩增所产生的DNA条带数,计算总条带数、多态性条带数、各引物的多态性比率和多态性信息量(PIC)及条带大小等。对记录的DNA条带构建原始数据矩阵,将相同位置上清晰出现的条带记为1,同一位置无条带或是弱带的则记为0。利用NTSYS-pc 2.10e软件进行聚类分析,并绘制供试国兰种质资源聚类图。

    随机选择供试材料中的1份春兰、1份建兰、1份墨兰材料进行240对EST-SSR引物的PCR扩增。结果表明,163对引物在春兰中能扩增出稳定清晰的带型(有效扩增率67.92%),159对引物在建兰中能扩增出稳定清晰的带型(有效扩增率66.25%),171对引物在墨兰中能扩增出稳定清晰的带型(有效扩增率71.25%)。

    从137对能同时在春兰、建兰、墨兰扩增出带型的引物中,排查无差异条带,选取17对引物对44份国兰种质资源进行扩增及多态性评价,以明确选取引物对供试国兰品种的可用性。结果发现,其中有10对引物的扩增条带清晰且具有多态性位点(表2),有效扩增率为58.82%。图1为引物CYM278的扩增结果。对筛选出来的10对杂交兰EST-SSR引物进行多态性分析发现,10对引物共扩增出52个条带,其中多态性条带有48个,多态率为92.31%,各引物的多态性条带数为3~9个,引物CYM81扩增出的多态性条带数最多。对各引物的多态性信息含量分析显示,多态性信息含量分布范围为0.504~0.850,平均值为0.686,10个标记均为高度多态性位点(0.5≤PIC)。表明开发的引物具有较高的质量和多态信息,可用于国兰遗传资源的评价。

    图  1  引物CYM278对44份国兰种质资源的扩增
    注:M为DNA marker, 1~44分别为表1所列的44份国兰资源。
    Figure  1.  Patterns of 44 Chinese cymbidium germplasms amplified by primer CYM278
    Note: M: DNA marker; 1–44: 44 DNA samples of Chinese cymbidium listed in Table 1.
    表  2  杂交兰EST-SSR标记多态性分析
    Table  2.  Information on Cymbidium hybrid EST-SSR primer pairs
    引物名
    Primer
    引物序列
    Primer sequence
    长度
    Length/bp
    重复单元
    Repeat motifs
    总条带
    Total band
    多态性条带
    Polymorphism band
    多态性比率
    Polymorphism percentage/%
    多态性信息含量
    Polymorphism information content
    CYM81 5′-CTTCCTTCTCTGCTGCCATT-3′
    5′-AAACAGAATCCGGCTCACAC-3′
    181 (CT)8 9 9 100.00 0.850
    CYM107 5′-CGGTGGGATAAGGCGTATAA-3′
    5′-TTGATTCCGGCAATTAAAGC-3′
    201 (GA)8 6 6 100.00 0.765
    CYM108 5′-AAAGATGACACTGTGCGTCG-3′
    5′-CCTCGCCCACTCTAACTTGA-3′
    189 (GA)8 7 6 85.71 0.807
    CYM128 5′-ATGCAAGGGCGTACAAAAAC-3′
    5′-GAATCTCCGATCCCGTAACA-3′
    239 (GT)8 5 5 100.00 0.692
    CYM153 5′-CGAGCGAGATATGTGGATGA-3′
    5′-GGCATCCTTTGTACAATTTTGA-3′
    243 (TA)8 5 5 100.00 0.744
    CYM165 5′-CCATCGCAATGTCTTTCCTT-3′
    5′-AACAATGGGGTCACTCCCTA-3′
    183 (TA)6 3 3 100.00 0.606
    CYM174 5′-CAAGATCAGCTGGCATTGAA-3′
    5′-TTGGACAACCTGTCTCTATCCA-3′
    270 (TC)9 4 3 75.00 0.504
    CYM270 5′-ATACCCACTGCCATAGCTGC-3′
    5′-GGATTACGTCATCGGAGGAA-3′
    223 (ACC)5 4 3 75.00 0.652
    CYM278 5′-AGGCACATAGGAGAGCCTGA-3′
    5′-CTGAGCAGGAACTTGAAGCC-3′
    269 (AGA)6 4 3 75.00 0.570
    CYM287 5′-CATCAACGCGGTGTATGAAC-3′
    5′-CCGAGATTTGAGTGTCGGAT-3′
    198 (AGC)8 5 5 100.00 0.669
    下载: 导出CSV 
    | 显示表格

    根据10对引物扩增的多态性EST-SSRs建立的0,1型数据,利用NTSYS-pc 2.10e软件,构建国兰44个品种的聚类图(图2)。44个国兰品种间的遗传距离变化在0.02~0.49,其中,凤和青山玉泉品种的亲缘关系最近。在遗传距离为0.43处,44份国兰品种被划分为4大类群:第Ⅰ类群包括9个品种,有:锦旗、四季虎斑、四季玉妃、市长红和花叶建兰等,均为建兰品种,且多为红色系花;第Ⅱ类群包括18个品种,有:铁骨素梅、铁金刚、素心爪、金丝马尾爪、金针、桃娇、小桃红、大凤素等,包含了供试材料中的大部分建兰品种;第Ⅲ类群中有8个品种,如:红荷梅、红荷、黄荷梅、瑞梅等春兰品种,还包括春剑品种:春剑大富贵,莲瓣兰品种:碧龙玉素和碧玉奇素等;第Ⅳ类群中有9个品种,如:四季达摩、达摩爪、企黑等,均为墨兰品种。

    图  2  供试国兰种质资源的UPGMA聚类分析
    Figure  2.  UPGMA dendrogram of Chinese cymbidium germplasms

    种质资源是开展育种工作的材料基础,对种质资源的鉴定、评价工作是推动资源进一步开发利用的前提。分子标记技术是目前快速鉴定物种间亲缘关系的重要手段之一,具有多态性高、共显性等特点,已成功应用于兰科植物遗传多样性研究中。李丽辉等[12]利用RAPD和ISSR分子标记技术,对7种国兰资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,研究结果表明RAPD和ISSR这2种分子标记可以在分子水平上反映遗传资源的遗传多样性。张亚楠等[13]开发了寒兰EST-SSR标记,并将其应用于15个不同地区寒兰遗传多样性的分析,结果表明,设计的SSR引物可用于寒兰的遗传研究。牛田等[14]利用SRAP分子标记对包括春兰品种在内的47份材料进行遗传多样性分析,较好地揭示了供试材料亲缘关系的远近,为春兰各品种间的分类和杂交亲本的选择提供重要理论依据。虽然前人利用分子标记对国兰遗传多样性、遗传图谱构建的研究取得了一定进展,但相对于小麦[15]、白菜[16]等植物,国兰的标记数目还较少。

    随着物种参考序列的增多,基于基因组和转录组序列,众多植物的EST-SSR分子标记引物被开发,有关EST-SSR标记的通用性研究也有报道。在思茅松EST-SSR标记对马尾松、高山松、油松和云南松的通用率为88.89%[17];48对小麦EST-SSR引物中,36对在7种有潜力的禾本科能源植物中具可转移性,可转移率为75.0%[18];木薯EST-SSR在麻疯树中的通用性比例为55.85%[19]。基于EST-SSR标记物种间通用性高这一优点,本研究利用杂交兰的240对EST-SSR引物对春兰、建兰、墨兰进行PCR扩增,引物的通用性比例分别为67.92%、66.25%和71.25%,说明杂交兰EST-SSR引物在国兰中有较好的通用性,与其他植物的通用性研究结果较为相似。本研究还发现了137个引物对可以应用于国兰中,为国兰增加了新的分子标记。

    本研究进一步利用筛选出的10对杂交兰EST-SSR引物对44份国兰品种资源的遗传多样性进行分析,10对引物的多态性比率为92.31%,多态性信息含量(PIC)均值为0.686,均属于高PIC等级,表明开发出的EST-SSR多态性程度相对较高。聚类图中将44份国兰品种分为4大类群,第Ⅰ类群和第Ⅱ聚类群中,均为建兰品种;第Ⅲ类群中包括春兰、春剑、莲瓣兰等品种;第Ⅳ类群为墨兰品种;分类结果与传统的植物学分类相吻合,很好地将建兰、墨兰和其他国兰品种区分开,这一研究结果与蒋彧等[20]对24个国兰样品的聚类结果相近。本研究结果说明供试的国兰品种间具有较丰富的遗传多样性,杂交兰EST-SSR标记可以较准确地将44份国兰种质资源进行聚类,表明利用杂交兰EST-SSR标记进行国兰种质资源遗传多样性分析的研究是可行的。

  • 图  1   引物CYM278对44份国兰种质资源的扩增

    注:M为DNA marker, 1~44分别为表1所列的44份国兰资源。

    Figure  1.   Patterns of 44 Chinese cymbidium germplasms amplified by primer CYM278

    Note: M: DNA marker; 1–44: 44 DNA samples of Chinese cymbidium listed in Table 1.

    图  2   供试国兰种质资源的UPGMA聚类分析

    Figure  2.   UPGMA dendrogram of Chinese cymbidium germplasms

    表  1   国兰供试材料信息

    Table  1   Information on Chinese cymbidium cultivars

    编号
    No.
    品种名
    Variety name
    种类
    Species
    1 锦旗 Jinqi 建兰 C. ensifolium
    2 四季玉妃 Sijiyufei 建兰 C. ensifolium
    3 四季虎斑 Sijihuban 建兰 C. ensifolium
    4 宝岛仙女 Baodaoxiannv 建兰 C. ensifolium
    5 市长红 Shizhanghong 建兰 C. ensifolium
    6 素君荷 Sujunhe 建兰 C. ensifolium
    7 新品荷 Xinpinhe 建兰 C. ensifolium
    8 红荷冠 Hongheguan 建兰 C. ensifolium
    9 花叶建兰 Huayejianlan 建兰 C. ensifolium
    10 春剑大富贵 Chunjiandafugui 春剑 C. longibractium
    11 红荷梅 Honghemei 春兰 C. goeringii
    12 红荷 Honghe 春兰 C. goeringii
    13 碧龙玉素 Bilongyusu 莲瓣兰 C. lianpan
    14 碧玉奇素 Biyuqisu 莲瓣兰 C. lianpan
    15 晃辉 Huanghui 建兰 C. ensifolium
    16 大唐盛世 Datangshengshi 春兰 C. goeringii×莲瓣兰 C. lianpan
    17 瑞梅 Ruimei 春兰 C. goeringii
    18 高山春色 Gaoshanchunse 建兰 C. ensifolium
    19 国色天香 Guosetianxiang 建兰 C. ensifolium
    20 铁骨素梅 Tiegusumei 建兰 C. ensifolium
    21 铁金刚 Tiejingang 建兰 C. ensifolium
    22 马耳 Maer 建兰 C. ensifolium
    23 红梅 Hongmei 建兰 C. ensifolium
    24 素心爪 Suxinzhua 建兰 C. ensifolium
    25 地荷 Dihe 建兰 C. ensifolium
    26 金丝马尾爪 Jinsimaweizhua 建兰 C. ensifolium
    27 金针 Jinzhen 建兰 C. ensifolium
    28 桃娇 Taojiao 建兰 C. ensifolium
    29 小桃红 Xiaotaohong 建兰 C. ensifolium
    30 萨摩锦 Samojin 建兰 C. ensifolium
    31 青山玉泉 Qingshanyuquan 建兰 c. ensifolium
    32 凤 Feng 建兰 c. ensifolium
    33 丹霞建 Danxiajian 建兰 C. ensifolium
    34 大凤素 Dafengsu 建兰 C. ensifolium
    35 达摩爪 Damozhua 墨兰 C. sinense
    36 龙梅 Longmei 墨兰 C. sinense
    37 四季达摩 Sijidamo 墨兰 C. sinense
    38 红宝石 Hongbaoshi 墨兰 C. sinense
    39 玉兰蔻 Yulankou 墨兰 C. sinense
    40 贵夫人 Guifuren 墨兰 C. sinense
    41 黄荷梅 Huanghemei 春兰 C. goeringii
    42 金边报岁兰 Jinbianbaosuilan 墨兰 C. sinense
    43 银托 Yintuo 墨兰 C. sinense
    44 企黑 Qihei 墨兰 C. sinense
    下载: 导出CSV

    表  2   杂交兰EST-SSR标记多态性分析

    Table  2   Information on Cymbidium hybrid EST-SSR primer pairs

    引物名
    Primer
    引物序列
    Primer sequence
    长度
    Length/bp
    重复单元
    Repeat motifs
    总条带
    Total band
    多态性条带
    Polymorphism band
    多态性比率
    Polymorphism percentage/%
    多态性信息含量
    Polymorphism information content
    CYM81 5′-CTTCCTTCTCTGCTGCCATT-3′
    5′-AAACAGAATCCGGCTCACAC-3′
    181 (CT)8 9 9 100.00 0.850
    CYM107 5′-CGGTGGGATAAGGCGTATAA-3′
    5′-TTGATTCCGGCAATTAAAGC-3′
    201 (GA)8 6 6 100.00 0.765
    CYM108 5′-AAAGATGACACTGTGCGTCG-3′
    5′-CCTCGCCCACTCTAACTTGA-3′
    189 (GA)8 7 6 85.71 0.807
    CYM128 5′-ATGCAAGGGCGTACAAAAAC-3′
    5′-GAATCTCCGATCCCGTAACA-3′
    239 (GT)8 5 5 100.00 0.692
    CYM153 5′-CGAGCGAGATATGTGGATGA-3′
    5′-GGCATCCTTTGTACAATTTTGA-3′
    243 (TA)8 5 5 100.00 0.744
    CYM165 5′-CCATCGCAATGTCTTTCCTT-3′
    5′-AACAATGGGGTCACTCCCTA-3′
    183 (TA)6 3 3 100.00 0.606
    CYM174 5′-CAAGATCAGCTGGCATTGAA-3′
    5′-TTGGACAACCTGTCTCTATCCA-3′
    270 (TC)9 4 3 75.00 0.504
    CYM270 5′-ATACCCACTGCCATAGCTGC-3′
    5′-GGATTACGTCATCGGAGGAA-3′
    223 (ACC)5 4 3 75.00 0.652
    CYM278 5′-AGGCACATAGGAGAGCCTGA-3′
    5′-CTGAGCAGGAACTTGAAGCC-3′
    269 (AGA)6 4 3 75.00 0.570
    CYM287 5′-CATCAACGCGGTGTATGAAC-3′
    5′-CCGAGATTTGAGTGTCGGAT-3′
    198 (AGC)8 5 5 100.00 0.669
    下载: 导出CSV
  • [1] 龚理, 黄添毅, 王芳, 等. 国兰杂交品种(系)SRAP-PCR反应体系优化及引物快速筛选 [J]. 热带作物学报, 2014, 35(5):925−932. DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2014.05.016

    GONG L, HUANG T Y, WANG F, et al. Optimization SRAP-PCR system and quickly screening primers for hybridization cultivars(lines) of Chinese Cymbidium [J]. Chinese Journal of Tropical Crops, 2014, 35(5): 925−932.(in Chinese) DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2014.05.016

    [2] 陈和明, 朱根发, 廖飞雄, 等. 广东省兰花种质资源的收集保存与评价利用 [J]. 广东农业科学, 2007, 34(6):27−29. DOI: 10.3969/j.issn.1004-874X.2007.06.010

    CHEN H M, ZHU G F, LIAO F X, et al. Collection, conservation, evaluation and utilization of Orchidaceae germplasm in Guangdong [J]. Guangdong Agricultural Sciences, 2007, 34(6): 27−29.(in Chinese) DOI: 10.3969/j.issn.1004-874X.2007.06.010

    [3] 唐源江, 曹雯静, 吴坤林. 基于SRAP标记的国兰种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建 [J]. 中国农业科学, 2015, 48(9):1795−1806. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.09.13

    TANG Y J, CAO W J, WU K L. Genetic diversity analysis and molecular identification card construction of Chinese Cymbidium germplasms based on SRAP markers [J]. Scientia Agricultura Sinica, 2015, 48(9): 1795−1806.(in Chinese) DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.09.13

    [4] 江亚雯, 孙小琴, 罗火林, 等. 基于ISSR标记的江西野生寒兰居群遗传多样性研究 [J]. 园艺学报, 2017, 44(10):1993−2000.

    JIANG Y W, SUN X Q, LUO H L, et al. Studies on genetic diversity of Cymbidium kanran populations from the main mountains in Jiangxi Province based on ISSR marker [J]. Acta Horticulturae Sinica, 2017, 44(10): 1993−2000.(in Chinese)

    [5] 王晓英, 张林, 李承秀, 等. 51个春兰(Cymbidium goeringii)品种的AFLP遗传多样性分析 [J]. 植物遗传资源学报, 2015, 16(3):653−658.

    WANG X Y, ZHANG L, LI C X, et al. Genetic diversity analysis of 51 Cymbidium goeringii cultivars by AFLP markers [J]. Journal of Plant Genetic Resources, 2015, 16(3): 653−658.(in Chinese)

    [6] 胡薇, 黄儒珠, 潘晓华, 等. 建兰38个品种的RAPD分析 [J]. 园艺学报, 2008, 35(2):289−294. DOI: 10.3321/j.issn:0513-353X.2008.02.022

    HU W, HUANG R Z, PAN X H, et al. RAPD analysis of thirty-eight Cymbidium ensifolium cultivars [J]. Acta Horticulturae Sinica, 2008, 35(2): 289−294.(in Chinese) DOI: 10.3321/j.issn:0513-353X.2008.02.022

    [7]

    ISABEL L P, PARK J R, LEE G S, et al. Development of EST-SSR markers and analysis of genetic relationship it's resources in hexaploid oats [J]. Journal of Crop Science and Biotechnology, 2019, 22(3): 243−251. DOI: 10.1007/s12892-019-0158-0

    [8]

    FERRÃO L F V, CAIXETA E T, PENA G, et al. New EST–SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping [J]. Molecular Breeding, 2015, 35: 31. DOI: 10.1007/s11032-015-0247-z

    [9]

    AWASTHI P, SINGH A, SHEIKH G, et al. Mining and characterization of EST-SSR markers for Zingiber officinale Roscoe with transferability to other species of Zingiberaceae [J]. Physiology and Molecular Biology of Plants, 2017, 23(4): 925−931. DOI: 10.1007/s12298-017-0472-5

    [10]

    LEONARDUZZI C, SPANU I, LABRIOLA M, et al. Development and characterization of three highly informative EST-SSR multiplexes for Pinus halepensis mill. And their transferability to other Mediterranean pines [J]. Plant Molecular Biology Reporter, 2016, 34(5): 993−1002. DOI: 10.1007/s11105-016-0980-4

    [11]

    SAISUG W, UKOSKIT K. Comparative analysis of EST-derived markers for allelic variation in Jatropha curcas L. and cross transferability among economically important species of Euphorbiaceae [J]. Genes & Genomics, 2013, 35(1): 1−12.

    [12] 李丽辉, 胡瑶, 李宏告, 等. 基于RAPD、ISSR标记的国兰种质资源遗传多样性研究 [J]. 中国农学通报, 2018, 34(29):42−47. DOI: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb17100075

    LI L H, HU Y, LI H G, et al. Study on genetic diversity of China Orchid resources using RAPD and ISSR markers [J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2018, 34(29): 42−47.(in Chinese) DOI: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb17100075

    [13] 张亚楠, 杨柏云, 熊冬金, 等. 寒兰转录组SSR信息分析及其分子标记开发 [J]. 南昌大学学报(理科版), 2017, 41(3):249−254.

    ZHANG Y N, YANG B Y, XIONG D J, et al. Analysis on SSR information based on transcriptome and development of molecular markers in Cymbidium kanran [J]. Journal of Nanchang University(Natural Science), 2017, 41(3): 249−254.(in Chinese)

    [14] 牛田, 张林, 王厚新, 等. 利用SRAP标记分析春兰种质资源遗传多样性 [J]. 农学学报, 2014, 4(8):53−58.

    NIU T, ZHANG L, WANG H X, et al. Genetic diversity analysis of Cymbidium goeringii's germplasm resources basedon SRAP markers [J]. Journal of Agriculture, 2014, 4(8): 53−58.(in Chinese)

    [15] 郑永胜, 张晗, 王雪梅, 等. 小麦DUS测试已知品种DNA指纹数据库构建及其应用 [J]. 植物遗传资源学报, 2019, 20(4):845−853.

    ZHENG Y S, ZHANG H, WANG X M, et al. Construction of DNA profile database of Wheat reference varieties and its application in Wheat DUS Test [J]. Journal of Plant Genetic Resources, 2019, 20(4): 845−853.(in Chinese)

    [16] 刘栓桃, 张志刚, 王荣花, 等. 基于InDel标记的大白菜育种材料分子身份证构建 [J]. 中国蔬菜, 2019(2):34−41.

    LIU S T, ZHANG Z G, WANG R H, et al. Construction of molecular identity card for Chinese cabbage breeding materials based on InDel markers [J]. China Vegetables, 2019(2): 34−41.(in Chinese)

    [17] 蔡年辉, 许玉兰, 王大玮, 等. 思茅松EST-SSR标记在几种松属植物中的通用性分析 [J]. 西南林业大学学报(自然科学), 2017, 37(4):8−14.

    CAI N H, XU Y L, WANG D W, et al. The transferability analysis of Pinus kesiya var. langbianensis EST-SSR markers to several pine species [J]. Journal of Southwest Forestry University(Natural Sciences), 2017, 37(4): 8−14.(in Chinese)

    [18] 陈金金, 彭俊华. 小麦EST-SSR标记对几种有潜力的禾本科能源植物的可转移性研究 [J]. 植物科学学报, 2011, 29(6):696−703.

    CHEN J J, PENG J H. Transferability of wheat(Triticum aestivum) EST-derived SSR markers to several potential energy plants in Gramineae [J]. Plant Science Journal, 2011, 29(6): 696−703.(in Chinese)

    [19] 文明富, 陈新, 王海燕, 等. 木薯基因组SSR和EST-SSR在麻疯树和橡胶树中的通用性分析 [J]. 作物学报, 2011, 37(1):74−78. DOI: 10.3724/SP.J.1006.2011.00074

    WEN M F, CHEN X, WANG H Y, et al. Transferability analysis of cassava EST-SSR and genomic-SSR markers in Jatropha and rubber tree [J]. Acta Agronomica Sinica, 2011, 37(1): 74−78.(in Chinese) DOI: 10.3724/SP.J.1006.2011.00074

    [20] 蒋彧, 何俊蓉, 刘菲, 等. 中国兰遗传多样性的SRAP分析 [J]. 西南农业学报, 2013, 26(4):1645−1648. DOI: 10.3969/j.issn.1001-4829.2013.04.070

    JIANG Y, HE J R, LIU F, et al. Genetic polymorphism analysis by sequence-related amplified polymorphism in Chinese Cymbidium [J]. Southwest China Journal of Agricultural Sciences, 2013, 26(4): 1645−1648.(in Chinese) DOI: 10.3969/j.issn.1001-4829.2013.04.070

  • 期刊类型引用(2)

    1. 徐婉,林雅君,赵荘,周庄. 兰属植物资源与育种研究进展. 园艺学报. 2022(12): 2722-2742 . 百度学术
    2. 王子玥,刘曼,刘凌云,常智慧. 苇状羊茅EST-SSR标记在草甸羊茅和多年生黑麦草的通用分析. 草地学报. 2021(09): 1900-1908 . 百度学术

    其他类型引用(1)

图(2)  /  表(2)
计量
  • 文章访问数:  1334
  • HTML全文浏览量:  678
  • PDF下载量:  18
  • 被引次数: 3
出版历程
  • 收稿日期:  2019-12-29
  • 修回日期:  2020-03-02
  • 刊出日期:  2020-04-30

目录

/

返回文章
返回