Identification and Functional Analysis of Genes Related to Cocoon Shell Ratio in Bombyx mori
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摘要:目的 挖掘家蚕茧层率相关基因，以期为家蚕茧层率性状分子遗传改良提供参考依据。方法 以多丝量家蚕品种菁松和中丝量家蚕品种芙蓉为亲本构建BC1代分离群体。在BC1代雄性群体中挑选极端高/低茧层率个体构建子代DNA混池，运用BSA-seq方法对茧层率关联区域进行定位，并运用BLAST软件对关联区域的编码基因进行GO和KEGG等数据库注释及功能预测。结果 重测序数据与家蚕参考基因组平均比对率为98.86%，平均基因组覆盖度为95.79%（1×）和88.63%（5×）；变异检测共获得26 557 646个SNPs；∆(SNP-index)定位到3个与茧层率显著相关的区域，分别为Chr.2:4430～4930 kb、Chr.4:12350～12920 kb和Chr.13:3230～3730 kb，共包含70个编码基因。通过GO与KEGG注释，有58个基因注释到GO数据库，涉及生物过程、分子功能和细胞组分三大类；有19个基因注释到KEGG通路，分布于34个代谢通路中。通过KEGG代谢通路分析，筛选出10个可能对家蚕茧层率有重要调控作用的基因，推测其参与了家蚕丝腺细胞运动、能量代谢和蛋白质合成加工。结论 运用BSA-seq方法在家蚕第2、4和13号染色体上定位到与茧层率关联的区域，筛选到10个可能与茧层率密切相关的候选基因，为茧层率关键调控基因精细定位及克隆奠定基础。Abstract:Objective Genes related to the cocoon shell ratio of Bombyx mori were investigated for improvement on silkworm productivity.Method Segregated BC1 populations of a highly productive silkworm, Jingsong, and a moderately productive Furong were established. DNA pools were constructed by mixing 30 high and low cocoon shell ratio individuals from the BC1 male populations. BSA-seq was applied to identify the regions relevant to the target trait. The coding genes at the candidate regions were annotated with BLAST software in GO and KEGG databases.Result The percentage of clean reads that matched the reference genome of P50 was 98.86%, and those of the average genome coverage 95.79% for 1× and 88.63% for 5×. Variant calling resulted in 26 557 646 SNPs. Three QTLs for the cocoon shell ratio detected by ∆(SNP-index) were in the intervals of 4 430–4930 kb on Chr.2, 12350–12920 kb on Chr.4, and 3230–3730 kb on Chr.13. There were 70 coding genes found in the associated regions. According to the GO database annotation, 58 genes were categorized in the groups of biological process, molecular function, or cellular component. The 19 genes annotated in the KEGG database distributed in 34 metabolic pathways. Of which, 10 might play important roles in regulating the cocoon shell ratio and the functions involving the silk gland cell movement, energy metabolism, and/or protein synthesis.Conclusion The genes related to the silkworm cocoon shell ratio were identified by BSA-seq method. Ten genes were speculated to possibly associate with the silk formation. The present study only managed to locate the regions on chromosomes 2, 4, and 13 of the genes in B. mori that might related to the cocoon shell ratio. Further study will be needed to finely map and clone the key regulatory genes in the highly complex regulatory mechanism.
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Keywords:
- Bombyx mori /
- silkworm cocoon shell ratio /
- BSA-seq /
- gene annotation
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0. 引言
【研究意义】马铃薯（Solanum tuberosum）为茄科茄属植物，别称洋芋、土豆、山药蛋等，喜光，不耐高温，具有耐旱、耐寒、耐瘠薄的特点。作为主要的粮食作物之一，马铃薯在提高人们生活水平方面发挥着很大的作用[1]。我国马铃薯种植占全球种植面积的20%以上，平均单产量为13.99 t·hm−2[2]，在甘肃定西种植面积高达20万公顷[3]，已成为甘肃农业经济的支柱产业，将是甘肃省干旱地区主粮化发展的主要方向[4-6]。探究生长调节剂配合栽培方法生产出适合种植的马铃薯种薯，是现阶段急需解决的关键问题。【前人研究进展】 植物生长调节剂主要作用是调控植物碳水化合物的运输与分配，对植物生长既有促进作用也有抑制作用[7]。氨基寡糖素、甲壳寡糖素、6-BA均具有促进细胞伸长，刺激植物生长的作用；寡聚酸碘是一种生长抑制剂，可有效抑制植物顶端生长，促进植物节间缩短，茎秆粗壮，矮化株高[8]。有研究发现甲壳寡糖素处理小麦、马铃薯、玉米等作物，可以增产10%～30%[9]。寡聚酸碘能够延缓马铃薯地上部分茎叶生长，促进块茎膨大，增加产量，提早成熟[10]。曲亚英等[11]研究发现烯效唑和多效唑能够显著降低马铃薯叶面积指数，减少分枝数，降低株高，提高叶绿素含量，增强光合能力，提高产量。赵晶晶等[12]研究发现在马铃薯叶面喷施植物生长调节剂 2-N，N-二乙氨基乙基己酸酯和缩节胺，均显著增加了单薯重、淀粉产量和鲜薯产量。陈晓光等[13]和 禤维言等[14]研究发现，植物生长调节剂能增加叶片叶绿素含量，提高净光合速率，加快了叶片的光合作用，增加作物产量。龙国等[15]研究表明用硫脲、赤霉素+硫脲处理可以提高种薯萌发率、芽眼萌发率，增强抗性，增加光合作用时间，提高马铃薯大、中薯块数量。在播种时，进行种切块拌种，但随着马铃薯种植面积的不断扩大，切块拌种费时费工，加上南方地区天气炎热，严重影响马铃薯种薯繁育[16]。【本研究切入点】之前的研究多数集中在各生长调节剂对作物产量和功效的探讨，现阶段针对马铃薯的研究中，各种生长调节剂复配拌种影响小型化种薯生产方面的研究鲜少。开展马铃薯播种过程种薯小型化研究，对马铃薯发展智能机械化生产、降低劳动成本、提高生产效率具有重要的意义。【拟解决的关键问题】 本研究拟通过采用植物生长调节剂对马铃薯进行拌种，探索生长调节剂拌种对生产马铃薯生长发育、光合特性及产量的影响，以期筛选出适合生产小型种薯的生长调节剂，为提高生产小型优质马铃薯种薯提供参考。
1. 材料与方法
1.1 试验材料
供试品种为红美原种马铃薯，由甘肃省农科院马铃薯研究所提供；试验采用的生长调节剂为5%氨基寡糖素、甲壳寡糖素、寡聚酸碘、6-BA。
1.2 试验地概况
试验于2020年4月至10月在甘肃省定西市渭源县会川镇下新庄进行。试验区域为北纬35°、东经103°、海拔2260 m，年平均降水量566.4 mm，无霜期131 d。试验地地势平坦、肥力均匀、土壤结构疏松、排水良好并富含有机质。播种时每667 m2基施尿素8 kg、磷酸二铵18 kg、硫酸铵15 kg。
1.3 试验设计
试验设6个处理（表1），清水为对照（CK），每处理小区面积18 m2，3个重复，随机区组排列，小区间设田埂，试验地四周设置保护行。在播种前各处理均使用1 L复配生产调节剂拌种，各复配生长调节剂浓度见表1。 于4月25 播种，单垄单行，行距 0.6 m，行长 6 m，株距 0.3 m，栽培管理与大田管理相同，于在9月28日至10月8日采收。
表 1 试验设计Table 1. Experimental design处理Treat-
ment生长调节剂 Growth regulator 5%氨基寡糖素Amino-
oligosaccharides/
（mL·L−1）甲壳寡糖素Chitosan-
oligosaccharide/
（mL·L−1）6-BA/
（mg·L−1）寡聚酸碘
Iodine
Oligosaccharide Acids/
（mL·L−1）D1 10.0 0.0 0.0 7.5 D2 10.0 0.0 2.5 7.5 D3 10.0 0.0 2.5 0.0 D4 0.0 5.0 0.0 7.5 D5 0.0 5.0 2.5 7.5 D6 0.0 5.0 2.5 0.0 CK 0.0 0.0 0.0 0.0 1.4 测定内容与方法
株高、茎粗、主茎数、分枝数：每个小区随机调查25株测定，取样参考《马铃薯种质资源描述规范和数据标准》[17] 。叶绿素含量：块茎膨大期用便携式叶绿素仪分别测定各处理功能叶片的叶绿素值。光合参数：马铃薯块茎膨大期，进行马铃薯叶片光合生理指标的测定。白天上午9：30～11：30，用美国Li-6400便携式光合测定仪测定光合参数，选取自生长点下数第3到4片完全展开、生长良好的马铃薯叶片，测定光强为1000 μmol·m−2·s−1，胞间CO2浓度为380 μmol·mol−1，相对湿度为75%。大薯率：测定每个小区＞50 g薯重占小区产量的百分率，取平均值。小薯率：测定每个小区≤50 g薯重占小区产量的百分率，取平均值。单株薯重：统计每个小区的单株薯重，取3次重复的平均值。单株结薯数：统计每个小区的单株结薯数，取3次重复的平均值。产量：测取每小区产量，取3次重复的平均值，然后折算出各处理的产量。
1.5 数据处理
采用 Excel 2020软件整理试验数据， SPSS 20软件对数据进行统计分析。
2. 结果与分析
2.1 植物生长调节剂拌种对马铃薯生育期的影响
表2可以看出，D2、D5处理出苗期较其他处理提前2 d，提前进入盛花期，分别在7月10日和7月11日出现盛花期现象，较CK处理提前5 d和4 d，D2处理成熟期是在9月25日，较其他处理提前成熟且比CK提前7 d。说明播种期相同条件下，植物生长调节剂处理对马铃薯生育期影响不同，D2处理可以促进马铃薯的顶端优势，种薯发芽早，出苗快，生育期缩短，最终使马铃薯成熟期提前。
表 2 植物生长调节剂拌种对马铃薯生育期的影响Table 2. Effects of seed treatments with growth regulators on potato growth period处理
Treatment播种期
Sowing/
（月−日）出苗期
Emergence/
（月−日）盛花期
Flowering/
（月−日）成熟期
Maturity/
（月−日）生育期
Growth
stage/dD1 04−25 05−30 07−12 09−30 120 D2 04−25 05−28 07−10 09−25 117 D3 04−25 05−30 07−12 09−30 120 D4 04−25 05−30 07−12 09−30 120 D5 04−25 05−28 07−12 09−26 118 D6 04−25 05−30 07−11 09−30 120 CK 04−25 06−01 07−15 10−02 121 2.2 植物生长调节剂拌种对马铃薯生长指标的影响
表3可知，生长调节剂拌种对马铃薯株高、茎粗、主茎数和分枝数均有影响。不同生长调节剂拌种处理下，D3和D4株高高于其他处理，较CK分别提高12 cm和9 cm。D6处理株高显著低于D3处理，为51.00 cm，这可能与生长调节剂种类及浓度有关。茎粗表现为D2处理茎粗最大，为15.08 mm；D3处理，茎粗最小，为10.31 mm。主茎数和分枝数为D3、D4、D5、D6处理显著高于CK；其中生长调节剂处理的主茎数表现为D3最大，D2最小。
表 3 植物生长调节剂拌种对马铃薯生长指标的影响Table 3. Effects of seed treatments with growth regulators on potato plant growth处理
Treatment株高Plant
height/cm茎粗Stem
thick/mm主茎数
Mainstem number分枝数
BranchesD1 50.00±2.01 b 12.49±0.41 b 2.2±0.01 b 2.4±0.01 b D2 52.00±2.33 b 15.08±0.16 a 2.0±0.02 b 2.8±0.02 ab D3 56.67±0.88 a 10.31±0.02 c 2.9±0.03 a 3.8±0.03 a D4 53.67±0.66 ab 10.58±0.02 c 2.7±0.01 a 3.5±0.02 a D5 52.67±2.08 b 11.82±0.07 bc 2.4±0.01 ab 2.9±0.03 ab D6 51.00±1.15 bc 11.94±0.04 bc 2.5±0.04 ab 2.6±0.02 ab CK 44.67±0.88 c 9.51±0.50 d 1.8±0.02 c 2.0±0.01 c 表中同列数值小写字母表示差异显著（P＜0.05），下表同。 Data with lowercase letters on same column indicate significant differences at P＜0.05. Same for tables below. 2.3 植物生长调节剂拌种对马铃薯株高、茎粗生长速率的影响
对马铃薯株高和茎粗进行生长速率的分析发现D1—D6处理株高生长速率分别为20.84%、18.79%、27.67%、21.95%、18.76%和24.30%，处理之间差异不显著，但各处理株高生长速率均高于CK；D2处理茎粗生长速率显著高于各处理，较CK升高79.16%（图1）。
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图 1 植物生长调节剂拌种对马铃薯株高、茎粗生长速率的影响图中小写字母表示差异显著（P＜0.05），下图同。Figure 1. Effects of seed treatments with growth regulators on height and stem girth growth rate of potato plantsData with lowercase letters on same column indicate significant differences at P＜0.05. Same for figures below.2.4 植物生长调节剂拌种对马铃薯叶片叶绿素含量的影响
由图2可知，生长调节剂拌种后，观察发现D2、D5处理叶片叶色变深，叶片变厚。叶绿素含量表现为D1、D2、D4和D5处理叶片叶绿素含量均增加，其中D2和 D5 处理显著高于对照。D3、D6处理与对照无明显差异。由此可见，D2和 D5处理可以控制地上部茎的生长，能够增强叶片光合作用，提高了叶片的光合能力，对块茎产量的提高具有积极作用。
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图 2 植物生长调节剂拌种对马铃薯叶绿素含量的影响Figure 2. Effects of seed treatments with growth regulators on potato plant chlorophyll content2.5 植物生长调节剂拌种对马铃薯光合作用的影响
块茎膨大期是马铃薯光合产物积累最快的时期，约60%的光合同化物是在这个时期合成的[18,19]。如表4所示，通过测定块茎膨大期不同生产调节剂拌种对马铃薯叶片光合特性的影响，结果发现，D2处理马铃薯叶片净光合速率最大，为24.12 μmol·m−2 ·s−1，显著高于对照，较对照增加53.86%。叶片净光合速率表现为D2 ＞D5＞D6＞D1＞D3＞D4＞CK。胞间CO2浓度、气孔导度的变化趋势与净光合速率的相似，各处理显著高于对照，其中D2胞间CO2浓度、气孔导度均显著高于D1、D3、D4和D6，但与D5处理之间无显著差异。对照蒸腾速率显著高于其他处理，为8.18 mmol·m−2·s−1。
表 4 植物生长调节剂拌种对马铃薯光合作用的影响Table 4. Effects of seed treatments with regulators on photosynthesis of potato plants处理
Treat-
ment净光合速率
Pn/
(μmol·m−2 ·s−1)胞间CO2浓度
Ci/
（μmol·mol−1)气孔导度
Gs /
（mol·m−2·s−1)蒸腾速率
Tr /
（mmol·m−2·s−1)D1 19.02±2.00 b 262.25±11.35 b 0.66±0.11 b 6.02±0.52 c D2 24.12±1.52 a 282.87±12.58 a 0.72±0.14 a 6.32±0.39 bc D3 18.26±1.11 b 260.56±13.34 b 0.65±0.11b 6.27±0.31bc D4 17.22±1.54 bc 258.33±12.78 b 0.58±0.05 b 6.43±0.42 bc D5 23.64±1.22 a 277.59±11.02 ab 0.69±0.05 ab 6.74±0.12 b D6 20.39±1.27 b 259.22±14.55 b 0.57±0.10 b 6.41±0.51 bc CK 15.68±0.91 c 219.25±12.21 c 0.25±0.01 d 8.18±0.33 a 2.6 植物生长调节剂拌种对马铃薯块茎分布的影响
从表5可见，植物生长调节剂处理能够影响不同质量块茎的分布，但生长调节剂种类不同影响不同。大薯率为67.55%～80.17%，D5处理显著提高了＞50 g块茎比率，而显著降低了≤50 g块茎比率，与对照相比，D5处理块茎比率提高10.71％。小薯率为17.72%～32.45%，D2处理显著提高了≤50 g块茎比率，与对照相比，≤50 g块茎比率提高27.25%。
表 5 植物生长调节剂拌种对马铃薯块茎分布的影响Table 5. Effects of seed treatments with regulators on tuber count and size of potato plants （单位：%）处理
Treatment大薯率＞50 g
Large potato rate＞50 g小薯率≤50 g
Small potato rate≤50 gD1 73.89 20.11 D2 67.55 32.45 D3 74.50 17.72 D4 77.41 19.83 D5 80.17 22.16 D6 73.87 22.13 CK 72.41 25.5 2.7 植物生长调节剂拌种对马铃薯产量的影响
由表6可以看出，不同生长调节剂复配对马铃薯单株结薯数、单株薯重、产量均有显著影响（P＜0.05）。D2处理单株结薯数为7.21粒·株−1，显著高于其他处理和对照，较对照提高28.06%。D1、D3、D5、D6之间处差异不显著 ，但均显著高于CK。生长调节剂拌种对马铃薯单株薯重、产量都有影响，D5处理单株薯重显著高于其他处理，较CK分别提高59.57%。D2处理产量达到最高，为35335.94 kg·hm−2，其次是D5处理，产量为30572.42 kg·hm−2。说明D2处理产量增加是由单株结薯数的增多构成的，而影响D5处理产量高的重要因素是单株薯重。
表 6 植物生长调节剂拌种对马铃薯产量的影响Table 6. Effects of seed treatments with growth regulators on tuber yield of potato plants处理
Treatment单株结薯数
Tuber number
per plant单株薯重
Weight per
tuber/kg产量
Yield/（kg·hm−2）D1 6.77±0.22 b 0.54±0.05 bc 27497.81±99.56 bc D2 7.91±0.62 a 0.66±0.03 b 35335.94±142.89 a D3 6.95±0.05 b 0.68±0.04 b 26012.81±89.56 bc D4 5.98±0.52 bc 0.58±0.02 bc 28331.72±132.56 b D5 7.09±0.05 b 0.75±0.03 a 30572.42±112.32 b D6 6.36±0.30 b 0.52±0.06 bc 29773.74±108.46 b CK 5.63±0.05 c 0.47±0.02 c 24758.97±105.23 c 3. 讨论与结论
多肽制剂氨基寡糖素、甲壳寡糖素和植物生长调节剂氯吡苯脲、甲壳寡糖素、6-BA均具有促进细胞伸长，刺激植物生长的作用。大量研究表明，烯效唑[20]、多效唑[8]具有降低马铃薯株高、抑制地上部分生物量的作用。本研究结果表明，D2、D5处理出苗期较其他处理提前2 d，盛花期也较CK处理提前5 d和4 d，说明播种期相同条件下，植物生长调节剂处理对马铃薯生育期有一定的影响，D2处理可以促进马铃薯的顶端优势，种薯发芽早，出苗快，生育期缩短，使马铃薯成熟期提前。有研究发现外源激素可以促进马铃薯匍匐茎的形成，当外源激素与生长素共同作用时，能够促进匍匐茎的生长[21-22]。生长调节剂对马铃薯株高、茎粗、主茎数和分枝数均有影响。不同生长调节剂拌种处理下，D3和D4株高高于其他处理，较CK分别提高12 cm和9 cm。D2处理茎粗最大，为15.08 mm；D3处理，茎粗最小。主茎数表现为D3最大，D2最小；D3、D4、D5、D6处理分枝数显著高于CK。生长调节剂的浓度和种类不同程度地刺激植物伸长和横向生长。D2处理株高生长速率变化最大，茎粗生长速率显著高于各处理，较CK升高79.16%。其中4种生长调节剂拌种均对马铃薯植株地上部茎叶生长具有抑制作用，有利于提高块茎产量．
叶绿素是植物光合作用最重要的色素，是光合作用中能量转化的物质基础，其含量多少是衡量叶片光合能力和产量形成的关键[23-24]。王惠群等[25]研究发现生长调节剂可促进植株光合色素含量合成，进而提高光合速率，但是生长调节剂含量过高，也会抑制其生长。另有研究发现，生长调节剂处理均提高了马铃薯叶片叶绿素含量、净光合速率、蒸腾速率，增强叶片的光合作用[26]；本研究中，生长调节剂拌种后，D2处理叶片叶色变深，叶片变厚，D2 处理显著增加了马铃薯叶面中叶绿素的含量，叶绿素含量的增加有利于叶片对光能的捕获，增强植物的光合速率；因此，植物生长调节剂通过增加叶片叶绿素含量，以提高植物光合作用。
植物生长调节剂在植物生长过程中调控植物的光合作用促进有机物的合成，同时还可在物质分配及产量形成方面具有十分重要的作用[27]。块茎膨大期是马铃薯光合产物积累最快的时期，约60%的光合同化物是在这个时期合成的[28]。相关研究指出植物生长调节剂是马铃薯块茎形成的关键物质[29]。有关研究表明细胞分裂素能够诱导匍匐茎顶端隆起，进而诱导块茎形成以及后续的膨大；但也有研究认为细胞分裂素不具备促进块茎形成的生理功能[30]。本研究表明，D2处理马铃薯叶片净光合速率最大，显著高于对照，较对照增加53.86%。胞间CO2浓度、气孔导度的变化趋势与净光合速率的相似，各处理显著高于对照，其中D2胞间CO2浓度、气孔导度均显著高于D1、D3、D4和D6。表明植物生长调节剂可以促进马铃薯地上部茎叶生长的，提高叶片光合作用，进而提高产量。
单株结薯数和单株薯重是构成产量的因素。有研究发现生长调节剂DTA-6对马铃薯具有增产的效果，但是马铃薯品种不同，效果也完全不一致，表明生长调节剂对马铃薯品种增产有显著差异[31]。本研究发现，D5处理显著提高了＞50 g块茎比率，而显著降低了≤50 g块茎比率；D2处理显著提高了≤50 g块茎比率，与对照相比，≤50 g块茎比率提高27.25%。生长调节剂拌种均能提高马铃薯单株结薯数、单株薯重和产量。D2处理单株结薯数最高，D5处理单株薯重最高；D2处理产量达到最高，为35335.94 kg·hm−2，D5处理产量为30572.42 kg·hm−2，显著高于其他处理；大薯率D5最高；D2处理小薯率最高，说明D2处理产量高的重要因素是单株结薯数量多，而D5产量增加是由于单株薯重提高而构成的。
综上所述，D2处理（10 mL·L−1 5%氨基寡糖素+2.5 mg·L−1 6-BA+7.5 mL·L−1寡聚酸碘）拌种处理能够提高马铃薯茎粗、叶绿素含量、光合速率和单株薯重，进而提高马铃薯产量，适用于马铃薯机械化种植中原种生产；D5处理（5 mL·L−1甲壳寡糖素+2.5 mg·L−1 6-BA+7.5 mL·L−1寡聚酸碘）可提高单株薯重、大薯数量及产量，提高马铃薯商品薯生产，获得较高的经济效益。
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图 1 分子标记及关联信号在染色体上的分布
从外到内依次为参考基因组染色体坐标、染色体上基因分布（颜色越深表示基因密度越大）、SNP密度分布（圆点越密集表示SNP密度越大）、InDel密度分布（三角形越密集表示InDel密度越大）、Index值在染色体上的分布。
Figure 1. Distribution of SNPs, InDels, and associated signals on chromosome
Shown from outside inward: chromosome coordinates of reference genome, genes distribution on chromosome (darker color indicates greater gene density), SNP density distribution (density of dots corresponds to that of SNP), InDel density distribution (density of triangles reflects that of InDel), and distribution of indices on chromosome.
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图 2 H池和L池SNP-index、∆（SNP-index）分布情况
图中不同颜色表示不同的染色体，横坐标为1～28号染色体上每个window的具体物理位置，纵坐标为位置所对应的Index值。
Figure 2. SNP-index and ∆(SNP-index) distribution of H-pool and L-pool.
Different colors represent different chromosomes; x-axis is for physical location of each window on chromosomes 1 to 28; y-axis is for Index corresponding to respective locations.
表 1 测序数据质量
Table 1 Statistics on quality of sequencing data
样品编号
Sample ID原始数据量
Raw data/bp过滤后数据量
Clean base/bp原测序reads 数
Raw reads过滤后reads 数
Clean readsQ20/% Q30/% GC含量
GC content/%菁松（JS） 380002170 6295123605 42251670 41738170 98.10 94.04 38.83 芙蓉（FR） 5853501108 5771738817 38764908 38269934 97.91 93.56 38.96 H-pool 16080222540 15911340150 106491540 105500096 98.13 94.11 38.89 L-pool 16401318000 16232070628 108618000 107624014 98.13 94.11 38.66 Q20：高质量测序数据中质量值≥20的碱基所占百分比；Q30：高质量测序数据中质量值≥30的碱基所占百分比。
Q20：The percentage of the bases whose Phred value are more than 20; Q30：The percentage of the bases whose Phred value are more than 30.
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表 2 质控数据与参考基因组比对情况
Table 2 Matching between quality control data and reference genome
样品编号
Sample ID比对率
Mapped ratio/%比对到基因组上的reads比例
Properly ratio/%平均测序深度
Average depth基因组覆盖度（1×）
Genome coverage(1×) /%基因组覆盖度（5×）
Genome coverage(5×) /%菁松（JS） 98.84 82.72 10.34 94.70 84.71 芙蓉（FR） 98.88 82.28 9.44 94.41 82.61 H-pool 98.90 81.29 26.02 97.04 93.59 L-pool 98.82 82.38 27.59 97.02 93.59 1×覆盖度：1 个碱基覆盖的位点占基因组的百分比；5×覆盖度：5个碱基覆盖的位点占基因组的百分比。
Coverage 1×: the percentage of at least 1 base-covered site in reference genome; Coverage 5×: the percentage of at least 5 base-covered sites in reference genome.
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表 3 关联区域信息统计
Table 3 Statistics of the related genes
染色体编号
Chromosome ID关联区域起点
Start of associated
regions/bp关联区域终点
End of associated
regions/bp关联区域长度
Associated region
size/MbSNP数量
SNP number关联区域内基因个数
Gene number in the
associated regions第13染色体 Chr 13 3230000 3730000 0.50 11 13 第4染色体 Chr 4 12350000 12920000 0.50 39 48 第2染色体 Chr 2 4430000 4930000 0.57 17 9 合计 Total 1.57 67 70
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表 4 候选基因的KEGG通路分析
Table 4 KEGG pathway of genes in candidate regions
一级代谢
Primary metabolism二级代谢
Secondary metabolism三级代谢
Tertiary metabolism通路编号
Ko ID基因编号
Gene ID新陈代谢
Metabolism聚糖生物合成与代谢
Glycan biosynthesis and metabolism糖胺聚糖降解
Glycosaminoglycan degradationko00531 KWMTBOMO07657 O-聚糖生物合成
Other types of O-glycan biosynthesisko00514 KWMTBOMO02149 脂质代谢
Lipid metabolism初级胆汁酸生物合成
Primary bile acid biosynthesisko00120 KWMTBOMO02138 有机体系统
Organismal systems免疫系统
Immune systemRIG-I样受体信号通路
RIG-I-like receptor signaling pathwayKo04622 KWMTBOMO02145；
KWMTBOMO07659；
KWMTBOMO02143Toll样受体信号通路
Toll-like receptor signaling pathwayko04620 KWMTBOMO07659 NOD样受体信号通路
NOD-like receptor signaling pathwayko04621 KWMTBOMO07659 内分泌系统
Endocrine system胰高血糖素信号通路
Glucagon signaling pathwayKo04922 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652；
KWMTBOMO02146甲状腺激素信号通路
Thyroid hormone signaling pathwayko04919 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652胰岛素信号通路
Insulin signaling pathwayko04910 KWMTBOMO02146 神经系统
Nervous system长时程增强效应
Long-term potentiationko04720 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652神经营养因子信号通路
Neurotrophin signaling pathwayko04722 KWMTBOMO07659 环境适应
Environmental adaptation生理节律 Circadian rhythm ko04710 KWMTBOMO00853 环境信息加工
Environment information processing信号转导
Signal transductionRas信号通路 Ras signaling pathway ko04014 KWMTBOMO02152 丝裂原活化蛋白激酶信号通路
MAPK signaling pathwayKo04013 KWMTBOMO02145；
KWMTBOMO07659；
KWMTBOMO02143钙离子信号通路
Calcium signaling pathwayko04020 KWMTBOMO02146 低氧诱导因子-1信号通路
HIF-1 signaling pathwayko04066 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652Wnt信号通路
Wnt signaling pathwayko04310 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652；
KWMTBOMO00853环磷酸腺苷信号通路
cAMP signaling pathwayko04024 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652Notch信号通路 Notch signaling pathway ko04330 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652Jak-STAT信号通路
Jak-STAT signaling pathwayko04630 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652TGF-β信号通路
TGF-beta signaling pathwayko04350 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO00853；
KWMTBOMO07652刺猬信号通路
Hedgehog signaling pathwayko04341 KWMTBOMO00853 细胞进程
Cellular processes细胞生长和死亡
Cell growth and death细胞周期 Cell cycle Ko04110 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652；
KWMTBOMO00853细胞凋亡 Apoptosis ko04214 KWMTBOMO07659 卵母细胞减数分裂 Oocyte meiosis ko04114 KWMTBOMO00853 细胞通讯 Cell communication 黏着连接 Adherens junction ko04520 KWMTBOMO07653；
KWMTBOMO07652运输与分解代谢
Transport and catabolism内吞作用 Endocytosis ko04144 KWMTBOMO07659 溶酶体 Lysosome ko04142 KWMTBOMO07657 遗传信息加工 Genetic information processing 折叠、组装和降解
Folding, sorting and degradation泛素介导的蛋白质水解
Ubiquitin mediated proteolysisko04120 KWMTBOMO07659；
KWMTBOMO02114；
KWMTBOMO00853蛋白质在内质网上的加工
Protein processing in endoplasmic reticulumko04141 KWMTBOMO02147；
KWMTBOMO00853蛋白酶体 Proteasome ko03050 KWMTBOMO02148 转录 Transcription 转录因子 Basal transcription factors ko03022 KWMTBOMO02120 剪接体 Spliceosome ko03040 KWMTBOMO02133 翻译 Translation 核糖体 Ribosome ko03010 KWMTBOMO02140
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