Characteristics of Mitochondrial Genomes of Semilabeo obscures Analyzed Using Illumina Hiseq 4000 High-throughput Sequencing Technique
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摘要:目的 研究暗色唇鲮（Semilabeo obscurus）的分子遗传学特性，为暗色唇鲮种质资源遗传多样性分析和分子标记研究提供基础数据。方法 利用高通量第二代测序技术，构建暗色唇鲮线粒体基因组全序列，分析序列的结构特征。结果 暗色唇鲮的线粒体基因组全序列长度16 598～16 599 bp，GC含量42.65%～42.7%，共含有13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA（12S-rRNA和16S-rRNA）以及1个控制区。线粒体基因组除ND6外，GC-skew值均为负值，COXI、ND3以及ND6的AT-skew值为负值，其余基因的AT-skew值均为正值。暗色唇鲮的13个蛋白编码基因氨基酸总长为3 794 aa，偏好密码子（RSCU＞2）分别是终止密码子Arg（CGA）、Gly（GGA）、Leu（CTA）、Pro（CCA）、Ser（TCA）以及终止密码子Stp（TAA）。暗色唇鲮（唇鲮属Semilabeo）与泉水鱼Pseudogyrinocheilus prochilus的亲缘关系最近，和卷口鱼Ptychidio jordani、直口鲮Rectoris posehensis、异华鲮Parasinilabeo assimilis存在较高的亲缘关系。结论 暗色唇鲮的线粒体基因组结构和基因排列顺序与鱼类基因组典型结构和排列一致。Abstract:Objective Molecular genetics of various Dusky Labiaet-barbel (Semilabeo obscures) was studied.Method The second-generation Illumina Hiseq 4000 high-throughput sequencing technology was employed to determine the sequences of the mitochondrial genomes of different species of S. obscures.Result The length of the individual mitochondrial genome was determined to be 16 598–16 599 bp containing 42.65%–42.7% GC. There were 13 protein-coding genes, 22 tRNA, 2 rRNA (i.e., 12S-rRNA and 16S-rRNA), and one control region. Except for the coded ND6, the values of GC-skew of the genomes were all negative; while those of AT-skew in COXI, ND3 and ND6 were negative as well; but those of AT-skew in others were positive. The 13 protein-coding genes consisted of 3 794 aa with the preference codon (RSCU＞2) including the termination codon Arg (CGA), Gly (GGA), Leu (CTA), Pro (CCA), Ser (TCA) and the termination codon Stp (TAA). These S. obscures appeared to relate most closely with Pseudogyrinocheilus prochilus and somewhat with Ptychidio jordani, Rectoris posehensis and Parasinilabeo assimilis.Conclusion The structures and sequences of the mitochondrial genomes of S. obscures as determined were in line with those of typical fish counterparts.
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Keywords:
- Semilabeo obscures /
- mitochondrial genome /
- structure and characteristics /
- phylogeny
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微重力影响生命活动的过程和机理，是人类为实现征服太空的目标所必须研究阐明的问题[1]。任何空间微重力试验都需要大量的地面模拟准备试验作为基础，Krikorian等[2]研究发现微重力和模拟微重力条件下胡萝卜细胞发育的不同阶段胚的生长比例相同，说明模拟微重力可以替代太空微重力研究植物生长的试验。地面模拟回转器因经济、易操控，可反复试验，可弥补空间微重力试验条件相对不足并且造价昂贵的缺憾[3-4]。诸多的真实以及模拟微重力对不同植物种类，不同植物部位影响的相关研究表明，微重力对生物的遗传、生长及生理特征等有影响[5]，如模拟微重力环境对人参、甜菊、燕麦、向日葵、萝卜等植物生长发育影响的相关报道[6-10]。目前，尚未有模拟微重力对食用菌生长与营养品质影响的相关报道。为此，本研究利用三维回转器模拟微重力环境，探讨微重力作用对金针菇氨基酸营养成分的影响，为揭示微重力对食用菌生长发育机理及开展空间园艺与育种提供科学借鉴。
1. 材料与方法
1.1 供试菌种
试验于2015年开展研究，金针菇品种由福建省农业科学院土壤肥料研究所提供。
1.2 回转装置
三维回转装置为福建省农业科学院生态农业研究所在国家“863”计划支持下自主研发的适合植物湿润栽培的旋转式植物栽培装置(中国发明专利：ZL200710009491.6)。装置设置两套独立旋转机构，三维旋转栽培盘在绕着自转心轴旋转的同时，又绕着公转心轴旋转。机架内部设置受控密闭舱，三维旋转栽培盘置于舱内，舱内气体组分、调速电机转速、人工光源光照强度和光周期等技术参数也可根据试验要求进行调控，采用触摸屏作为人机交互界面[11-12]。
1.3 试验方法与设计
1.3.1 栽培设计
试验设2个处理，分别为模拟微重力金针菇处理(X3) 与静止栽培金针菇处理(X0)。
金针菇培养料配方：棉籽壳77%，石膏1%，白糖1%，石灰2%，玉米粉19%，pH自然。培养料料水比1：1.8，拌匀后装入塑料袋，每袋装干料230 g，套上封口环，环内塞棉花，高压灭菌。待培养料温度冷却至26℃左右接种，每处理3个重复，每个重复10袋。接种后的菌袋置于回转装置上避光培养，培养温度22~23℃，空气相对湿度70%~75%。出菇时环境温度控制在18~21℃，空气相对湿度控制在90%~93%。三维回转装置频率1/60。
1.3.2 氨基酸组成测定
采收子实体菌盖呈钟型，尚未开伞时的金针菇。烘干箱中75℃烘干，粉碎机中磨粉150目过筛，用密封袋包装后在干燥环境中保藏备用。
将烘干样品置于6 mol·L-1盐酸溶液中，于110℃水解24 h，用氨基酸自动分析仪(日立8801型)测定氨基酸含量[13]。
1.4 数据统计与分析
氨基酸评分(Amino Acid Score，AAS)、生物价(Biologica1 Value，BV)、必需氨基酸指数(Essential Amino Acid Index，EAAI)和营养指数(Nutritional Index，NI)采用Bano的方法[14]；化学评分(chemical score，CS)采用FAO确定的方法[15]；氨基酸比值系数(RCAA)与氨基酸比值系数分(SRCAA)按朱圣陶的方法测定[16]。
2. 结果与分析
2.1 模拟微重力和静止栽培的金针菇氨基酸含量
X3与X0处理的金针菇子实体中所含17种氨基酸种类完全相同，模拟微重力栽培金针菇子实体中有15种氨基酸含量高于静止栽培处理，氨基酸总量达151.2 g·kg-1，比静止栽培处理提高了26.3%。模拟微重力处理的金针菇必需氨基酸总量81.7 g·kg-1，比静止栽培处理提高了29.89%，其必需氨基酸总量与氨基酸总量的比值为54.03%，超过食物类的必需氨基酸与氨基酸总含量的比值应接近40%的标准[17]。天冬氨酸和谷氨酸是鲜味氨基酸，模拟微重力处理的鲜味氨基酸含量达34.7 g·kg-1，比静止栽培处理的提高了37.15%。说明模拟微重力效应不仅可以提高金针菇的各种类氨基酸的含量，尤其对提高必需氨基酸和鲜味氨基酸含量有显著的增效效应(表 1)。
表 1 模拟微重力与静止栽培的金针菇子实体氨基酸含量比较Table 1. AA in fruiting bodies of F. velutipescultivated under simulated microgravity and conventional method[单位/(g·kg-1)] 氨基酸 X0 X3 增幅/% 天门冬氨酸Asp 9.9 15.5 56.6 苏氨酸Thr 8.9 10.2 14.6 丝氨酸Ser 5.7 7.6 33.3 谷氨酸Glu 15.4 19.2 24.7 甘氨酸Gly 5.4 6.6 22.2 丙氨酸Ala 7.2 8.5 18.1 半胱氨酸Cys 2.4 3.5 45.8 缬草氨酸Val 6.0 8.3 38.3 甲硫氨酸Met 9.6 10.3 7.3 异亮氨酸Ile 6.3 7.7 22.2 亮氨酸Leu 7.9 11.7 48.1 酪氨酸Tyr 4.2 5.5 31.0 苯丙氨酸Phe 5.6 8.3 48.2 赖氨酸Lys 12.0 16.2 35.0 组氨酸His 2.7 2.8 3.7 精氨酸Arg 5.8 4.7 -19.0 脯氨酸Pro 4.7 4.6 -2.1 氨基酸总量 119.7 151.2 26.30 必需氨基酸总量 62.9 81.7 29.89 鲜味氨基酸总量 25.3 34.7 37.15 2.2 模拟微重力和静止栽培的金针菇必需氨基酸组成及含量
必需氨基酸含量(Essential Amino Acids，EAA)指必需氨基酸含量分别占总氨基酸含量的比例[18]。模拟微重力环境栽培的金针菇必需氨基酸含量比静止栽培处理、鸡蛋白、FAO/WHO的参照标准分别提高了2.82%、8.71%和52.63%(表 2)。此外，模拟微重力处理的缬草氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸+酪氨酸和赖氨酸含量比静止栽培处理的子实体提高l1.34%、17.27%、11.48%和6.78%，而苏氨酸、蛋氨酸+胱氨酸、异亮氨酸则低了14.67%、9.86%和3.34%。参照世界粮农和卫生组织标准和鸡蛋白的氨基酸营养模式，从表 2还发现，模拟微重力和静止栽培的金针菇蛋白质必需氨基酸的含量均高于世界粮农和卫生组织规定的标准和鸡蛋白的含量。
表 2 模拟微重力和静止栽培的金针菇子实体必需氨基酸组成及含量Table 2. Compositions and contents of essential AA in fruiting bodies of F. velutipes cultivated under simulated microgravity and conventional method处理 苏氨酸
Thr蛋氨酸+胱氨酸
Met+Cys缬草氨酸
Val异亮氨酸
Ile亮氨酸
Leu苯丙氨酸+酪氨酸Phe+Tyr 赖氨酸
Lys总量 X0 7.44 10.03 5.01 5.26 6.60 8.19 10.03 52.55 X3 6.75 9.13 5.49 5.09 7.74 9.13 10.71 54.03 鸡蛋白 5.1 5.5 7.3 6.6 8.8 10.0 6.4 49.7 FAO/WHO 4.0 3.5 5.0 4.4 7.0 6.0 5.5 35.4 2.3 模拟微重力和静止栽培的金针菇蛋白质化学评分
模拟微重力栽培金针菇子实体的化学评分比静止栽培处理高6.63%，t测验的差异达到显著水平。缬草氨酸、亮氨酸和苯丙氨酸+酪氨酸和赖氨酸评分值比静止栽培处理提高6.63%、14.10%、8.40%和3.91%，而苏氨酸、蛋氨酸+胱氨酸、异亮氨酸则低了13.31%、12.98%和6.20%(表 3)。
表 3 模拟微重力和静止栽培的金针菇的蛋白质化学评分Table 3. CS of proteins in fruiting bodies of F. velutipes cultivated under simulated microgravity and conventional method处理 苏氨酸
Thr蛋氨酸+胱氨酸
Met+Cys缬草氨酸
Val异亮氨酸
Ile亮氨酸
Leu苯丙氨酸+酪氨酸Phe+Tyr 赖氨酸
Lys化学评价 X0 137.9 172.4 64.9 75.4 70.9 77.4 148.2 64.9 X3 121.7 152.6 69.2 71.0 80.9 83.9 154.0 69.2 2.4 模拟微重力和静止栽培的金针菇氨基酸评分
模拟微重力栽培金针菇子实体的氨基酸评分比静止栽培处理高16.43%，t测验的差异达到显著水平。缬草氨酸、亮氨酸和苯丙氨酸+酪氨酸和赖氨酸评分比静止栽培高9.47%、17.18%、11.43%和6.86%，而苏氨酸、蛋氨酸+胱氨酸、异亮氨酸则低了10.20%、9.82%和3.37%。
2.5 模拟微重力和静止栽培的金针菇必需氨基酸指数、生物价和营养指数
模拟微重力栽培金针菇子实体的必需氨基酸指数、生物价、营养指数均高于静止栽培处理的相对应值，其依次比静止栽培处理高2.92%、3.21%和29.37%，这表明模拟微重力栽培金针菇子实体的各类氨基酸组分不仅含量高于静止栽培处理，相应的氨基酸组成比例较为合理。
表 4 模拟微重力和静止栽培金针菇的氨基酸评分Table 4. AAS of proteins in fruiting bodies of F. velutipes cultivated under simulated microgravity and conventional method处理 苏氨酸
Thr蛋氨酸+胱氨酸
Met+Cys缬草氨酸
Val异亮氨酸
Ile亮氨酸
Leu苯丙氨酸+酪氨酸Phe+Tyr 赖氨酸
Lys氨基酸评分 X0 185.9 286.4 100.3 119.6 94.3 136.5 182.3 94.3 X3 168.7 260.8 109.8 115.7 110.5 152.1 194.8 109.8 表 5 模拟微重力和静止栽培金针菇的必需氨基酸指数、生物价和营养指数Table 5. EAAI, BVand NI of proteins in fruitingbodies of F. velutipes cultivated under simulated microgravity and conventional method处理 必需氨基酸指数 生物价 营养指数 X0 104.92 102.7 12.6 X3 107.98 106.0 16.3 2.6 模拟微重力和静止栽培对金针菇氨基酸比值和比值系数分
根据WHO/FAO的必需氨基酸评分模式，RC值＞1表明该氨基酸相对过剩，RC值＜1则表明不足，RC最低者为第一限制性氨基酸。如果必需氨基酸组成含量组成与EAA模式一致，则SRC=100，与EAA模式越接近，则SRC越接近100，其营养价值越高[18]。模拟微重力栽培金针菇子实体的氨基酸比值系数分(SRCAA)高于静止栽培处理，其相应值比静止栽培处理高0.66%。根据必需氨基酸模式，静止栽培的金针菇必需氨基酸——亮氨酸的氨基酸比值系数为0.9，小于WHO/FAO模式的必需氨基酸的RC值1，说明静止栽培的金针菇的第一限制氨基酸是亮氨酸。但是模拟微重力栽培的金针菇中亮氨酸的氨基酸比值系数为1.2，高于WHO/FAO模式的RC值，而且其他必需氨基酸的氨基酸比值系数均高于1，表明模拟微重力栽培金针菇的蛋白质是优质蛋白质。
表 6 模拟微重力和静止栽培金针菇的氨基酸比值系数分Table 6. AARC of proteins in fruiting bodies of F. velutipes cultivated under simulated microgravity and conventional method处理 苏氨酸
Thr蛋氨酸+胱氨酸
Met+Cys缬草氨酸
Val异亮氨酸
Ile亮氨酸
Leu苯丙氨酸+酪氨酸Phe+Tyr 赖氨酸
Lys氨基酸比值系数分 X0 1.86 2.86 1.00 1.20 0.94 1.36 1.82 72.68 X3 1.69 2.61 1.10 1.16 1.11 1.52 1.95 73.16 2.7 模拟微重力和静止栽培的金针菇蛋白质营养价值影响的综合评价
从表 7看出，模拟微重力栽培金针菇的化学评分、氨基酸评分、氨基酸比值系数分、必需氨基酸指数、营养指数及生物价6项蛋白质指标均高于静止栽培的金针菇，说明模拟微重力有利于金针菇子实体的氨基酸合成与积累，不仅氨基酸总量高，而且各种氨基酸组成比例更为合理。根据通用的蛋白质营养价值评判标准，模拟微重力栽培金针菇子实体中蛋白质综合营养价值优于静止栽培处理。
表 7 模拟微重力和静止栽培金针菇的蛋白质营养综合评价Table 7. Over-allnutritional qualities of proteins in fruiting bodies of F. velutipes cultivated under simulated microgravity and conventional method处理 化学评分 氨基酸评分 氨基酸比值系数分 必需氨基酸指数 营养指数 生物价 X0 64.9 94.3 72.68 104.92 12.6 102.7 X3 69.2 109.8 73.16 107.98 16.3 106.0 3. 讨论与结论
诸多研究发现，微重力对作物的生长、发育和繁殖产生一定的影响，而且多是以不利影响为主。Giuseppe等[19]研究空间实验微重力对芸芥发芽率、苗干鲜重、葡萄糖与果糖含量、蔗糖和淀粉含量有不利影响；徐国鑫等[20]发现模拟微重力抑制拟南芥种子贮藏蛋白的积累，导致种子贮藏蛋白总体含量降低。本研究模拟微重力栽培的金针菇子实体17种氨基酸中有15种氨基酸含量高于静止栽培处理，且氨基酸、必需氨基酸和鲜味氨基酸总量均高于静止处理，说明模拟微重力栽培有利于金针菇中蛋白质物质的代谢与积累，其结果与赵伟等[21]研究经回转器处理的人参细胞的人参皂苷含量提高10%左右相似。为此模拟微重力的相关试验要因作物而异，在今后的科学研究中需根据具体作物具体分析。
由于食物蛋白质中一种或几种必需氨基酸缺少或不足，就会使食物蛋白质合成为机体蛋白质的转变过程受限，进而限制了此种蛋白质的营养价值[22]。本研究的静止栽培金针菇中亮氨酸的氨基酸评分与必需氨基酸比值系数均最小，因此亮氨酸是限制氨基酸；而模拟微重力栽培的金针菇限制氨基酸是缬草氨酸，苯丙氨酸+酪氨酸的必需氨基酸比值系数RC值大于1。因此模拟微重力栽培可提升秀珍菇中氨基酸的含量，尤其是限制性氨基酸——苯丙氨酸+酪氨酸的含量，从而更为接近人体蛋白质各种氨基酸的构成比例，易于更完全被人体吸收转化。
模拟微重力栽培金针菇子实体中有15种氨基酸含量高于静止栽培处理，而且化学评分、氨基酸评分、氨基酸比值系数分、必需氨基酸指数、生物价与营养指数6项蛋白质指标均高于静止栽培的金针菇，说明模拟微重力栽培金针菇有利于其氨基酸的形成，不仅能提高蛋白质含量，而且促进了各种氨基酸构成比例的合理性，使之更为接近人体蛋白质各种氨基酸的构成比例，其作用机理有待于进一步的探索。微重力是否对维生素、脂肪酸、多糖、微量元素以及重金属的作用也有待于深入研究。
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图 1 暗色唇鲮线粒体基因组结构和排列
Figure 1. Structures and sequences of mitochondrial genomes of S. obscures
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图 2 暗色唇鲮线粒体基因组密码子使用频率分布
Figure 2. Frequency distribution of codon usage in mitochondrial genomes of S. obscures
表 1 暗色唇鲮的线粒体基因组特征
Table 1 Characteristics of mitochondrial genomes of S. obscures
基因/区域
Gene /Area因子
Factor云南暗
色唇鲮
YN贵州暗
色唇鲮
GZ广西暗
色唇鲮
GX全基因组
Whole genome序列长度
Length/bp16 598 16 598 16 599 A和T碱基之和所占比例
AT Ratio/%57.30 57.33 57.35 AT偏移率
AT-skew0.113 4 0.112 4 0.112 8 GC偏移率
GC-skew−0.265 1 −0.264 3 −0.264 6 蛋白质编码基因
Protein-coding genes序列长度
Length（aa）3 794 3 794 3 794 A和T碱基之和所占比例（总）
AT Ratio /%（all）57.37 57.41 57.44 每隔2个碱基取第3个碱基组成的新序列的A和T碱基之和所占比例
AT Ratio/%（3rd）58.98 59.00 59.00 AT偏移率
AT-skew0.084 4 0.082 6 0.082 8 GC偏移率
GC-skew−0.332 1 −0.330 3 −0.330 6 16S核糖体核糖核酸
rrnL序列长度
Length/bp1 686 1 686 1 686 A和T碱基之和所占比例
AT Ratio/%56.58 56.58 56.70 AT偏移率
AT-skew0.314 5 0.314 5 0.313 8 GC偏移率
GC-skew−0.090 2 −0.090 2 −0.090 4 12S核糖体核糖核酸
rrnS序列长度
Length/bp956 956 956 A和T碱基之和所占比例
AT Ratio/%51.78 51.67 51.67 AT偏移率
AT-skew0.256 6 0.255 1 0.255 1 GC偏移率
GC-skew−0.102 −0.099 6 −0.099 6 转运核糖核酸
tRNAs序列长度
Length/bp1 562 1 562 1 562 A和T碱基之和所占比例
AT Ratio/%55.70 55.70 55.57 AT偏移率
AT-skew0.110 3 0.112 6 0.110 6 GC偏移率
GC-skew−0.112 7 −0.115 6 −0.112 4 控制区
Control area序列长度
Length/bp937 937 937 A和T碱基之和所占比例
AT Ratio/%66.7 66.92 66.81 AT偏移率
AT-skew0.004 8 0.008 0 0.016 0 GC偏移率
GC-skew−0.211 5 −0.219 4 −0.228 3 
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表 2 暗色唇鲮线粒体基因组注释结果（云南）
Table 2 Complete annotation of mitochondrial genome of S. obscures (YN)
基因
Gene编码链
Coding strand起始位点
Start position终止位点
Stop position长度
Size/bpGC含量
G+C content/%氨基酸
aa起始密码子
Start codons终止密码子
Stop codons反密码子
Anticodon间隔碱基
Intergenic nucleotide/bptRNA-Phe H 1 69 69 43.48% GAA 0 12S-rRNA H 70 1 025 956 48.22% 0 tRNA-Val H 1 026 1 097 72 51.39% TAC 0 16S-rRNA H 1 098 2 783 1 686 43.42% 0 tRNA-Leu H 2 784 2 859 76 52.63% TAA 1 ND1 H 2 861 3 835 975 44.31% 324 ATG TAA 4 tRNA-Ile H 3 840 3 911 72 47.22% GAT −2 tRNA-Gln L 3 910 3 980 71 42.25% TTG 1 tRNA-Met H 3 982 4 050 69 57.97% CAT 0 ND2 H 4 051 5 097 1 047 44.13% 348 ATG TAG −2 tRNA-Trp H 5 096 5 166 71 38.03% TCA 2 tRNA-Ala L 5 169 5 237 69 30.43% TGC 1 tRNA-Asn L 5 239 5 311 73 47.95% GTT 33 tRNA-Cys L 5 345 5 410 66 46.97% GCA 1 tRNA-Tyr L 5 412 5 482 71 59.15% GTA 1 COXI H 5 484 7 034 1 551 43.39% 516 GTG TAA 0 tRNA-Ser L 7 035 7 105 71 49.30% TGA 3 tRNA-Asp H 7 109 7 180 72 36.11% GTC 13 COXII H 7 194 7 884 691 42.98% 230 ATG T 0 tRNA-Lys H 7 885 7 960 76 46.05% TTT 1 ATP8 H 7 962 8 126 165 39.39% 54 ATG TAA −7 ATP6 H 8 120 8 803 684 40.64% 227 ATG TAA −1 COXIII H 8 803 9 588 786 44.40% 261 ATG TAA −1 tRNA-Gly H 9 588 9 659 72 34.72% TCC 0 ND3 H 9 660 10 010 351 44.16% 116 ATG TAG −2 tRNA-Arg H 10 009 10 078 70 47.14% TCG 0 ND4L H 10 079 10 375 297 45.79% 98 ATG TAA −7 ND4 H 10 369 11 749 1 381 41.42% 460 ATG T 0 tRNA-His H 11 750 11 818 69 30.43% GTG 0 tRNA-Ser H 11 819 11 887 69 36.23% GCT 1 tRNA-Leu H 11 889 11 961 73 43.84% TAG 3 ND5 H 11 965 13 788 1 824 40.90% 607 ATG TAA −4 ND6 L 13 785 14 306 522 44.83% 173 ATG TAG 0 tRNA-Glu L 14 307 14 375 69 39.13% TTC 4 Cytb H 14 380 15 520 1 141 40.93% 380 ATG T 0 tRNA-Thr H 15 521 15 592 72 51.39% TGT −1 tRNA-Pro L 15 592 15 661 70 41.43% TGG 0 D-loop H 15 662 16 598 937 33.30% 0
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表 3 暗色唇鲮线粒体基因组注释结果（贵州）
Table 3 Complete annotation of mitochondrial genome of S. obscures (GZ)
基因
Gene编码链
Coding strand起始位点
Start position终止位点
Stop position长度
Size/bpGC含量
G+C content/%氨基酸
aa起始密码子
Start codons终止密码子
Stop codons反密码子
Anticodon间隔碱基
Intergenic nucleotide/bptRNA-Phe H 1 69 69 43.48% GAA 0 12S-rRNA H 70 1 025 956 48.33% 0 tRNA-Val H 1 026 1 097 72 50.00% TAC 0 16S-rRNA H 1 098 2 783 1 686 43.42% 0 tRNA-Leu H 2 784 2 859 76 52.63% TAA 1 ND1 H 2 861 3 835 975 44.41% 324 ATG TAA 4 tRNA-Ile H 3 840 3 911 72 47.22% GAT −2 tRNA-Gln L 3 910 3 980 71 42.25% TTG 1 tRNA-Met H 3 982 4 050 69 57.97% CAT 0 ND2 H 4 051 5 097 1 047 44.13% 348 ATG TAG −2 tRNA-Trp H 5 096 5 166 71 38.03% TCA 2 tRNA-Ala L 5 169 5 237 69 30.43% TGC 1 tRNA-Asn L 5 239 5 311 73 47.95% GTT 33 tRNA-Cys L 5 345 5 410 66 46.97% GCA 1 tRNA-Tyr L 5 412 5 482 71 59.15% GTA 1 COXI H 5 484 7 034 1 551 43.46% 516 GTG TAA 0 tRNA-Ser L 7 035 7 105 71 49.30% TGA 3 tRNA-Asp H 7 109 7 180 72 36.11% GTC 13 COXII H 7 194 7 884 691 42.98% 230 ATG T 0 tRNA-Lys H 7 885 7 960 76 46.05% TTT 1 ATP8 H 7 962 8 126 165 38.79% 54 ATG TAA −7 ATP6 H 8 120 8 803 684 40.35% 227 ATG TAA −1 COXIII H 8 803 9 588 786 44.40% 261 ATG TAA −1 tRNA-Gly H 9 588 9 659 72 36.11% TCC 0 ND3 H 9 660 10 010 351 43.87% 116 ATG TAG −2 tRNA-Arg H 10 009 10 078 70 47.14% TCG 0 ND4L H 10 079 10 375 297 45.79% 98 ATG TAA −7 ND4 H 10 369 11 749 1 381 41.49% 460 ATG T 0 tRNA-His H 11 750 11 818 69 30.43% GTG 0 tRNA-Ser H 11 819 11 887 69 36.23% GCT 1 tRNA-Leu H 11 889 11 961 73 43.84% TAG 3 ND5 H 11 965 13 788 1 824 40.73% 607 ATG TAA −4 ND6 L 13 785 14 306 522 45.02% 173 ATG TAG 0 tRNA-Glu L 14 307 14 375 69 39.13% TTC 4 Cytb H 14 380 15 520 1 141 40.84% 380 ATG T 0 tRNA-Thr H 15 521 15 592 72 51.39% TGT −1 tRNA-Pro L 15 592 15 661 70 41.43% TGG 0 D-loop H 15 662 16 598 937 33.08% 0
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表 4 暗色唇鲮线粒体基因组注释结果（广西）
Table 4 Complete annotation of mitochondrial genome of S. obscures (GX)
基因
Gene编码链
Coding strand起始位点
Start position终止位点
Stop position长度
Size/bpGC含量
G+C content/%氨基酸
aa起始密码子
Start codons终止密码子
Stop codons反密码子
Anticodon间隔碱基
Intergenic nucleotide/bptRNA-Phe H 1 69 69 44.93% GAA 0 12S-rRNA H 70 1 025 956 48.33% 0 tRNA-Val H 1 026 1 097 72 51.39% TAC 0 16S-rRNA H 1 098 2 783 1 686 43.30% 0 tRNA-Leu H 2 784 2 859 76 52.63% TAA 1 ND1 H 2 861 3 835 975 44.41% 324 ATG TAA 4 tRNA-Ile H 3 840 3 911 72 47.22% GAT −2 tRNA-Gln L 3 910 3 980 71 42.25% TTG 1 tRNA-Met H 3 982 4 050 69 57.97% CAT 0 ND2 H 4 051 5 097 1 047 44.13% 348 ATG TAG −2 tRNA-Trp H 5 096 5 166 71 38.03% TCA 2 tRNA-Ala L 5 169 5 237 69 30.43% TGC 1 tRNA-Asn L 5 239 5 311 73 47.95% GTT 34 tRNA-Cys L 5 346 5 411 66 46.97% GCA 1 tRNA-Tyr L 5 413 5 483 71 59.15% GTA 1 COXI H 5 485 7 035 1 551 43.39% 516 GTG TAA 0 tRNA-Ser L 7 036 7 106 71 49.30% TGA 3 tRNA-Asp H 7 110 7 181 72 36.11% GTC 13 COXII H 7 195 7 885 691 42.84% 230 ATG T 0 tRNA-Lys H 7 886 7 961 76 46.05% TTT 1 ATP8 H 7 963 8 127 165 38.79% 54 ATG TAA −7 ATP6 H 8 121 8 804 684 40.20% 227 ATG TAA −1 COXIII H 8 804 9 589 786 44.53% 261 ATG TAA −1 tRNA-Gly H 9 589 9 660 72 36.11% TCC 0 ND3 H 9 661 10 011 351 44.16% 116 ATG TAG −2 tRNA-Arg H 10 010 10 079 70 47.14% TCG 0 ND4L H 10 080 10 376 297 45.45% 98 ATG TAA −7 ND4 H 10 370 11 750 1 381 41.20% 460 ATG T 0 tRNA-His H 11 751 11 819 69 30.43% GTG 0 tRNA-Ser H 11 820 11 888 69 36.23% GCT 1 tRNA-Leu H 11 890 11 962 73 43.84% TAG 3 ND5 H 11 966 13 789 1 824 40.79% 607 ATG TAA −4 ND6 L 13 786 14 307 522 44.83% 173 ATG TAG 0 tRNA-Glu L 14 308 14 376 69 39.13% TTC 4 Cytb H 14 381 15 521 1 141 41.02% 380 ATG T 0 tRNA-Thr H 15 522 15 593 72 51.39% TGT −1 tRNA-Pro L 15 593 15 662 70 41.43% TGG 0 D-loop H 15 663 16 599 937 33.19% 0
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表 5 偏好密码子RSCU值
Table 5 RSCUs for preference codons in 3 species of S. obscures
氨基酸 Amino acid 密码子 Codon 云南暗色唇鲮 YN 贵州暗色唇鲮 GZ 广西暗色唇鲮 GX 数量 Number 使用频率 RSCU 数量 Number 使用频率 RSCU 数量 Number 使用频率 RSCU Arg CGA 52 2.737 51 2.684 52 2.737 Gly GGA 126 2.049 125 2.033 125 2.033 Leu CTA 248 2.400 249 2.414 249 2.414 Pro CCA 121 2.283 120 2.264 119 2.256 Ser TCA 82 2.103 83 2.128 83 2.119 Stp TAA 7 2.800 7 2.800 7 2.800
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